Contrasting morphological and DNA barcode-suggested species boundaries among shallow-water amphipod fauna from the southern European Atlantic coast
| Autor: | Luisa M. S. Borges, Ilisa C. Antunes, Maria Helena Costa, Ronaldo Sousa, Marina R. Cunha, Marcos A. L. Teixeira, Filipe O. Costa, Maria S. G. Ferreira, Pedro A. Gomes, Jorge Lobo |
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| Přispěvatelé: | Universidade do Minho |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2017 |
| Předmět: |
0106 biological sciences
DNA barcode reference library Species complex Amphipoda Fauna Zoology Sous-unité I de la cytochrome c oxydase 010603 evolutionary biology 01 natural sciences DNA barcoding DNA Mitochondrial Divergence Electron Transport Complex IV Evolution Molecular Phylogenetics Genetics Animals DNA Barcoding Taxonomic Cytochrome c oxidase subunit I 14. Life underwater Molecular Biology Espèces cryptiques Phylogeny Science & Technology biology Geography Ecology 010604 marine biology & hydrobiology Genetic Variation General Medicine biology.organism_classification Banque de données de référence de codes à barres de l’ADN Europe Waves and shallow water Genetics Population Cryptic species Biotechnology |
| Zdroj: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) instacron:RCAAP |
| Popis: | In this study we compared DNA barcode-suggested species boundaries with morphology-based species identifications in the amphipod fauna of the southern European Atlantic coast. DNA sequences of the cytochrome c oxidase subunit I barcode region (COI-5P) were generated for 43 morphospecies (178 specimens) collected along the Portuguese coast which, together with publicly available COI-5P sequences, produced a final dataset comprising 68 morphospecies and 295 sequences. Seventy-five BINs (Barcode Index Numbers) were assigned to these morphospecies, of which 48 were concordant (i.e., 1 BIN = 1 species), 8 were taxonomically discordant, and 19 were singletons. Twelve species had matching sequences ( Dans ce travail, les auteurs ont comparé la définition des espèces basée sur les codes a` barres de l’ADN avec celle issue de l’examen morphologique chez les amphipodes de la côte atlantique en Europe méridionale. Les séquences d’ADN de la région-code au sein de la sous-unité I de la cytochrome c oxydase (COI-5P) ont été obtenues pour 43 morpho-espèces (178 spécimens) recueillis le long de la côte du Portugal qui, combinées avec des séquences COI-5P déja` disponibles, ont produit des données représentant 68 morpho-espèces et 295 séquences. Soixante-quinze BIN (« Barcode Index Numbers ») ont été assignés a` ces morpho-espèces, dont 48 étaient concordants (i.e. 1 BIN = 1 espèce), 8 étaient discordants et 19 étaient uniques. Douze espèces avaient des séquences très semblables (distance This work was supported by FEDER through POFCCOMPETE and by national funds from “Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT)” in the scope of the grants FCOMP-01-0124-FEDER-015429, PEst-OE/BIA/UI4050/2014, PEst-C/MAR/UI0284/2014, PEst-C/MAR/LA0017/2013, and UID/AMB/50017/2013. Sequencing at the Biodiversity Institute of Ontario was supported by funding to the International Barcode of Life Project (iBOL) through the Canadian Centre for DNA Barcoding, from the Ontario Genomics Institute, Genome Canada, the Ontario Ministry of Research and Innovation, and the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada. Jorge Lobo was supported by a PhD fellowship (SFRH/BD/69750/2010) from FCT. info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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