The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses

Autor: Sylvie Baudino, Caroline Pont, Arnaud Lemainque, Michiel Vandenbussche, Jean-Claude Caissard, Teva Vernoux, Patrick Wincker, Florence Piola, Chang Liu, Hélène Badouin, Adnane Boualem, Mohammed-Amin Madoui, Moussa Benhamed, Jean-Marc Aury, Jérôme Salse, Abdelhafid Bendahmane, Manuel Le Bris, Benjamin Govetto, Hadi Quesneville, Olivier Raymond, Jérôme Gouzy, Mohammed Bendahmane, Sandrine Moja, Annick Dubois, Judit Szécsi, Priscilla Villand, Claudia Bardoux, Shu-Hua Yang, Céline Lopez-Roques, Ludovic Cottret, Pascal Heitzler, Antoine Larrieu, Véronique Boltz, Nathalie Choisne, Yoan Labrousse, Léa François, David Latrasse, Marion Verdenaud, Lauriane Perrier, Philippe Vergne, Sébastien Carrère, Magali Perez, Karine Labadie, Arnaud Couloux, Xiaopeng Fu, Jérémy Just
Přispěvatelé: Reproduction et développement des plantes (RDP), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sexe et évolution, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Génotypage (CNG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales (LBVPAM), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Key Laboratory of Horticultural Plant Biology, Huazhong Agricultural University, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Zentrum für Molekularbiologie der Pflanzen (ZMBP), Eberhard Karls Universität Tübingen, ANR-13-BSV7-0014,DODO,Identification et caractérisation des mutations DOMINANT DOUBLE (DODO) and DOUBLE FLOWER (DF) chez le pétunia et la rose(2013), ANR-12-BSV6-0005,AuxiFlo,Couplage entre le réseau transcriptionnel de l'auxine et l'identité florale(2012), ANR-11-IDEX-02/10-LABX-0040,SPS,Saclay Plant Sciences(2011), European Project: 341076,EC:FP7:ERC,ERC-2013-ADG,SEXYPARTH(2014), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - 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Lyon (ENS Lyon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales (BVPAM), Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Huazhong Agricultural University [Wuhan] (HZAU)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: Nature Genetics
Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2018, 50, pp.772-777. ⟨10.1038/s41588-018-0110-3⟩
Nature Genetics, Nature Publishing Group, 2018, 50 (6), pp.772-777. ⟨10.1038/s41588-018-0110-3⟩
Nature Genetics, 2018, 50 (6), pp.772-777. ⟨10.1038/s41588-018-0110-3⟩
Nature genetics
Nature Genetics 6 (50), 772–777. (2018)
ISSN: 1061-4036
1546-1718
Popis: Epub ahead of print; International audience; Roses have high cultural and economic importance as ornamental plants and in the perfume industry. We report the rose whole-genome sequencing and assembly and resequencing of major genotypes that contributed to rose domestication. We generated a homozygous genotype from a heterozygous diploid modern rose progenitor, Rosa chinensis ‘Old Blush’. Using single-molecule real-time sequencing and a meta-assembly approach, we obtained one of the most comprehensive plant genomes to date. Diversity analyses highlighted the mosaic origin of ‘La France’, one of the first hybrids combining the growth vigor of European species and the recurrent blooming of Chinese species. Genomic segments of Chinese ancestry identified new candidate genes for recurrent blooming. Reconstructing regulatory and secondary metabolism pathways allowed us to propose a model of interconnected regulation of scent and flower color. This genome provides a foundation for understanding the mechanisms governing rose traits and should accelerate improvement in roses, Rosaceae and ornamentals.
Databáze: OpenAIRE
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