Deciphering the Dark Proteome: Use of the Testis and Characterization of Two Dark Proteins

Autor: Régis Lavigne, Laetitia Guillot, Mélanie Lagarrigue, Pascale Bellaud, Emmanuelle Com, Jörg Dojahn, Juan-Felipe Velez de la Calle, Charles Pineau, Blandine Guével, Nick A. Morrice, Nathalie Melaine
Přispěvatelé: Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Proteomics Core Facility (Protim), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, H2P2 - Histo Pathologie Hight Precision (H2P2), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Plateforme Protéomique-Biogenouest (PPB), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Proteomics Core Facility (Protim), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, A B Sciex [Warrington, UK], Phoenix House Lakeside Drive Centre Park [Warrington, UK], Unité FIV [Clinique Pasteur, Brest], Clinique Pasteur [Brest], SCIEX [Darmstadt Germany], AB Sciex Germany GmbH [Darmstadt Germany], DBS20140930778, Fondation pour la Recherche Médicale, Conseil Régional de Bretagne, Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Université de Rennes (UR)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Proteomics Core Facility (Protim), Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Jonchère, Laurent
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: Journal of Proteome Research
Journal of Proteome Research, American Chemical Society, 2018, 44 (1), pp.13-30. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00387⟩
Journal of Proteome Research, 2018, 44 (1), pp.13-30. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00387⟩
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ISSN: 1535-3907
1535-3893
DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00387⟩
Popis: For the C-HPP consortium, dark proteins include not only uPE1, but also missing proteins (MPs, PE2-4), smORFs, proteins from lncRNAs, and products from uncharacterized transcripts. Here, we investigated the expression of dark proteins in the human testis by combining public mRNA and protein expression data for several tissues and performing LC-MS/MS analysis of testis protein extracts. Most uncharacterized proteins are highly expressed in the testis. Thirty could be identified in our data set, of which two were selected for further analyses: (1) A0AOU1RQG5, a putative cancer/testis antigen specifically expressed in the testis, where it accumulates in the cytoplasm of elongated spermatids; and (2) PNMA6E, which is enriched in the testis, where it is found in the germ cell nuclei during most stages of spermatogenesis. Both proteins are coded on Chromosome X. Finally, we studied the expression of other dark proteins, uPE1 and MPs, in a series of human tissues. Most were highly expressed in the testis at both the mRNA and protein levels. The testis appears to be a relevant organ to study the dark proteome, which may have a function related to spermatogenesis and germ cell differentiation. The mass spectrometry proteomics data have been deposited with the ProteomeXchange Consortium under the data set identifier PXD009598.
Databáze: OpenAIRE
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