Genotypic variability enhances the reproducibility of an ecological study

Autor: Markus Lange, Anne Pando, Manuel Blouin, Michael Bonkowski, Jean-Christophe Lata, Agnès Gigon, Carlo Grignani, Sebastien Barot, Nina Buchmann, Simone Cesarz, Ruben Puga-Freitas, Aaron M. Ellison, Alexandru Milcu, Laura Zavattaro, Neringa Mannerheim, Stefan Scheu, Nico Eisenhauer, Rahme Seyhun, Jacques Roy, Anna Greiner, Laura Rose, Marina E.H. Muller, Olaf Butenschoen, Alexandra Weigelt, Sébastien Devidal, Michael Scherer-Lorenzen, Martin Lukac, Jean-François Le Galliard, Arthur Gessler, Davide Assandri, Zachary Kayler, Amandine Hansart, Katherine R. Urban-Mead, Gerd Gleixner, Thomas Girin, Grégoire T. Freschet, Paula Rotter
Přispěvatelé: Écotron Européen de Montpellier, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Harvard University [Cambridge], Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, University of Göttingen - Georg-August-Universität Göttingen, Department of Forest Resources, University of Minnesota [Twin Cities] (UMN), University of Minnesota System-University of Minnesota System, Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Department of Terrestrial Ecology, Institut of Zoology, University of Cologne, Institute of Plant, Animal and Agroecosystem Sciences, J. F. Blumenbach Institute of Zoology and Anthropology, Georg-August-University [Göttingen], Max Planck Institute for Biogeochemistry (MPI-BGC), Max-Planck-Gesellschaft, Swiss Federal Research Institute, Department of Agricultural, Forestry, and Food Sciences, University of Turin, CEREEP-Ecotron Ile de France (UMS 3194), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), School of Agriculture, Policy and Development, University of Reading, Faculty of Biology, University of Freiburg [Freiburg], Special Botany and Functional Biodiversity, Universität Leipzig [Leipzig], State allocation ‘Investissement d’Avenir’ [ANR-11-INBS-0001], European Project: 262060,EC:FP7:INFRA,FP7-INFRASTRUCTURES-2010-1,EXPEER(2010), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), UPS 3248, Écotron Européen de Montpellier - Baillarguet, Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (IEES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Johann-Friedrich Blumenbach Institut für Zoologie und Anthropologie, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Ouest]), Université de Leipzig, Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology in Zürich [Zürich] (ETH Zürich), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (IEES (UMR_7618 / UMR_D_242 / UMR_A_1392 / UM_113) ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biogéochimie et écologie des milieux continentaux (Bioemco), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), NERC, Imperial College London, Faculty of Biology, Chair of Geobotany, University of Freiburg, Department Systematic Botanic and Functional Biodiversity, Institute Biology, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen, Università degli studi di Torino = University of Turin (UNITO), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Écotron Européen de Montpellier - UPS 3248, George August University Goettingen, University of Minnesota [Twin Cities], Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Harvard University, Universität Leipzig
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2018
Předmět:
0106 biological sciences
0301 basic medicine
Grassland ecology
Microcosms
Genotype
Evolution
[SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes
Ecosystem ecology
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Biology
Environment
Transparency
010603 evolutionary biology
01 natural sciences
03 medical and health sciences
reproducibility crisis
Behavior and Systematics
Medicago truncatula
[SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology
Genetic variability
Repeatability
Ecology
Evolution
Behavior and Systematics
Scientific disciplines
ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
030304 developmental biology
0303 health sciences
Reproducibility
Diversity
Ecology
business.industry
Ecological study
Reproducibility of Results
food and beverages
Biodiversity
biology.organism_classification
Biotechnology
Europe
Animal-experiments
030104 developmental biology
Agronomy
Research Design
Brachypodium distachyon
[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
business
Microcosm
Brachypodium
Zdroj: Nature Ecology & Evolution
Nature Ecology & Evolution, Nature, 2018, 2 (2), pp.279-287. ⟨10.1038/s41559-017-0434-x⟩
Nature Ecology & Evolution, 2018, 2 (2), pp.279-287. ⟨10.1038/s41559-017-0434-x⟩
Nature ecology & evolution On line 2 (2018): 279–+. doi:10.1038/s41559-017-0434-x
info:cnr-pdr/source/autori:Milcu, Alexandru; Puga-Freitas, Ruben; Ellison, Aaron M.; Blouin, Manuel; Scheu, Stefan; Freschet, Gregoire T.; Rose, Laura; Barot, Sebastien; Cesarz, Simone; Eisenhauer, Nico; Girin, Thomas; Assandri, Davide; Bonkowski, Michael; Buchmann, Nina; Butenschoen, Olaf; Devidal, Sebastien; Gleixner, Gerd; Gessler, Arthur; Gigon, Agnes; Greiner, Anna; Grignani, Carlo; Hansart, Amandine; Kayler, Zachary; Lange, Markus; Lata, Jean-Christophe; Le Gaillard, Jean-Francois; Lukac, Martin; Mannerheim, Neringa; Mueller, Marina E. H.; Pando, Anne; Rotter, Paula; Scherer-Lorenzen, Michael; Seyhun, Rahme; Urban-Mead, Katherine; Weigelt, Alexandra; Zavattaro, Laura; Roy, Jacques/titolo:Genotypic variability enhances the reproducibility of an ecological study/doi:10.1038%2Fs41559-017-0434-x/rivista:Nature ecology & evolution On line/anno:2018/pagina_da:279/pagina_a:+/intervallo_pagine:279–+/volume:2
ISSN: 2397-334X
DOI: 10.1038/s41559-017-0434-x⟩
Popis: International audience; Many scientific disciplines are currently experiencing a 'reproducibility crisis' because numerous scientific findings cannot be repeated consistently. A novel but controversial hypothesis postulates that stringent levels of environmental and biotic standardization in experimental studies reduce reproducibility by amplifying the impacts of laboratory-specific environmental factors not accounted for in study designs. A corollary to this hypothesis is that a deliberate introduction of controlled systematic variability (CSV) in experimental designs may lead to increased reproducibility. To test this hypothesis, we had 14 European laboratories run a simple microcosm experiment using grass (Brachypodium distachyon L.) monocultures and grass and legume (Medicago truncatula Gaertn.) mixtures. Each laboratory introduced environmental and genotypic CSV within and among replicated microcosms established in either growth chambers (with stringent control of environmental conditions) or glasshouses (with more variable environmental conditions). The introduction of genotypic CSV led to 18% lower among-laboratory variability in growth chambers, indicating increased reproducibility, but had no significant effect in glasshouses where reproducibility was generally lower. Environmental CSV had little effect on reproducibility. Although there are multiple causes for the 'reproducibility crisis', deliberately including genetic variability may be a simple solution for increasing the reproducibility of ecological studies performed under stringently controlled environmental conditions.
Databáze: OpenAIRE
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