kmdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses
| Autor: | Téo Lemane, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo |
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| Přispěvatelé: | Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Algorithmes pour les séquences biologiques - Sequence Bioinformatics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by the IPL Inria Neuromarkers, ANR Inception (ANR-16-CONV-0005), ANR Prairie (ANR-19-P3IA-0001), ANR SeqDigger (ANR-19-CE45-0008), H2020 ITN ALPACA (956229)., ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), ANR-19-P3IA-0001,PRAIRIE,PaRis Artificial Intelligence Research InstitutE(2019), ANR-19-CE45-0008,SeqDigger,Moteur de recherche de donne´es de se´quenc¸age en ge´nomique environnementale(2019), European Project: 956229,H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions,ALPACA(2021) |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2022 |
| Předmět: |
Statistics and Probability
MESH: Sequence Analysis DNA Genotype Sequence Analysis DNA Biochemistry Computer Science Applications MESH: Genotype Computational Mathematics Computational Theory and Mathematics MESH: Genome-Wide Association Study [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] Molecular Biology Software Algorithms Genome-Wide Association Study |
| Zdroj: | Bioinformatics Bioinformatics, 2022, 38 (24), pp.5443-5445. ⟨10.1093/bioinformatics/btac689⟩ |
| ISSN: | 1367-4803 1367-4811 |
| DOI: | 10.1093/bioinformatics/btac689⟩ |
| Popis: | Summary Genome wide association studies elucidate links between genotypes and phenotypes. Recent studies point out the interest of conducting such experiments using k-mers as the base signal instead of single-nucleotide polymorphisms. We propose a tool, kmdiff, that performs differential k-mer analyses on large sequencing cohorts in an order of magnitude less time and memory than previously possible. Availabilityand implementation https://github.com/tlemane/kmdiff Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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