The m 6 A pathway protects the transcriptome integrity by restricting RNA chimera formation in plants

Autor: Michèle Laudié, Moaine El Baidouri, Jacinthe Azevedo, Sylvie Lahmy, Christel Llauro, Tao Xu, Aurore Attina, Dominique Pontier, Claire Picart, François Roudier, Thierry Lagrange, Marie-Christine Carpentier, Christophe Hirtz, Lisha Shen
Přispěvatelé: Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Reproduction et développement des plantes (RDP), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie moléculaire des organismes photosynthétiques (UMR8186), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sciences pour l'environnement (SPE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pascal Paoli (UPP), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Institute of Research in Biotherapy, Laboratory of Biochemistry and Clinical Proteomics, French National Research Agency (ANR)Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)Universite de Perpignan Via Domitia National University of SingaporeTemasek Life Sciences Laboratory ENS de Lyon 'Laboratoires d'Excellences (LABEX)' TULIP, ANR-11-BSV6-0010,TRANSLATOR,la voie de signalisation TOR et la traduction chez les plantes(2011), ANR-10-LABX-0032,LaSIPS,ANR-10-LABX-0040-LaSIPS(2010), Université Pascal Paoli (UPP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecoépidémiologie évolutionniste, Département écologie évolutive [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), ANR-10-LABX-0032,LaSIPS,LABORATORY FOR SYSTEMS AND ENGINEERING OF PARIS SACLAY(2010), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2019
Předmět:
Zdroj: Life Science Alliance
Life Science Alliance, Life Science Alliance LLC, 2019, 2 (3), pp.e201900393. ⟨10.26508/lsa.201900393⟩
Life Science Alliance, 2019, 2 (3), pp.e201900393. ⟨10.26508/lsa.201900393⟩
ISSN: 2575-1077
DOI: 10.26508/lsa.201900393⟩
Popis: Global, segmental, and gene duplication–related processes are driving genome size and complexity in plants. Despite their evolutionary potentials, those processes can also have adverse effects on genome regulation, thus implying the existence of specialized corrective mechanisms. Here, we report that an N6-methyladenosine (m6A)–assisted polyadenylation (m-ASP) pathway ensures transcriptome integrity in Arabidopsis thaliana. Efficient m-ASP pathway activity requires the m6A methyltransferase-associated factor FIP37 and CPSF30L, an m6A reader corresponding to an YT512-B Homology Domain-containing protein (YTHDC)-type domain containing isoform of the 30-kD subunit of cleavage and polyadenylation specificity factor. Targets of the m-ASP pathway are enriched in recently rearranged gene pairs, displayed an atypical chromatin signature, and showed transcriptional readthrough and mRNA chimera formation in FIP37- and CPSF30L-deficient plants. Furthermore, we showed that the m-ASP pathway can also restrict the formation of chimeric gene/transposable-element transcript, suggesting a possible implication of this pathway in the control of transposable elements at specific locus. Taken together, our results point to selective recognition of 3′-UTR m6A as a safeguard mechanism ensuring transcriptome integrity at rearranged genomic loci in plants.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: