In situ relationships between microbiota and potential pathobiota in Arabidopsis thaliana

Autor: Léa Frachon, Carine Huard-Chauveau, Matthieu Barret, Claudia Bartoli, Sébastien Carrère, Baptiste Mayjonade, Dominique Roby, Catherine Zanchetta, Olivier Bouchez, Mylene Rigal, Fabrice Roux
Přispěvatelé: Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de chirurgie, CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque, Region Midi-Pyrenees (CLIMARES project), LABEX TULIP : ANR-10-LABX-41, ANR-11-IDEX-0002-02, Metaprogramme MEM (INRA, Metabar programme), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire des Interactions Plantes Micro organismes, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre INRA de Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GeT PlaGe, Genotoul, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: ISME Journal
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2018, 12 (8), pp.2024-2038. ⟨10.1038/s41396-018-0152-7⟩
ISSN: 1751-7362
1751-7370
DOI: 10.1101/261602
Popis: A current challenge in microbial pathogenesis is to identify biological control agents that may prevent and/or limit host invasion by microbial pathogens. In natura, hosts are often infected by multiple pathogens. However, most of the current studies have been performed under laboratory controlled conditions and by taking into account the interaction between a single commensal species and a single pathogenic species. The next step is therefore to explore the relationships between host-microbial communities (microbiota) and microbial members with potential pathogenic behavior (pathobiota) in a realistic ecological context. In the present study, we investigated such relationships within root and leaf associated bacterial communities of 163 ecologically contrasted Arabidopsis thaliana populations sampled across two seasons in South-West of France. In agreement with the theory of the invasion paradox, we observed a significant humped-back relationship between microbiota and pathobiota α-diversity that was robust between both seasons and plant organs. In most populations, we also observed a strong dynamics of microbiota composition between seasons. Accordingly, the potential pathobiota composition was explained by combinations of season-specific microbiota OTUs. This result suggests that the potential biomarkers controlling pathogen’s invasion are highly dynamic.
Databáze: OpenAIRE