A DNA barcode reference library of French Polynesian shore fishes

Autor: Lee A. Weigt, Johann Mourier, R. Galzin, Gilles Siu, Pierre Sasal, Jeffrey T. Williams, Erwan Delrieu-Trottin, Amy C. Driskell, Benoit Espiau, Nathalie Tolou, Christopher P. Meyer, Thomas H. Cribb, Nicolas Hubert, Patrick Plantard, Jérémie Viviani, Michel Kulbicki, Valeriano Parravicini, Gérard Mou-Tham, Diane Pitassy, Michel Veuille, Thierry Lison de Loma, Serge Planes
Přispěvatelé: Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL), Leibniz Institut für Evolutions und Biodiversitätsforschung, Laboratoire d'Excellence CORAIL (LabEX CORAIL), Université des Antilles (UA)-Institut d'écologie et environnement-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de La Réunion (UR)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Smithsonian Institution, National Museum of Natural History, Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Southern Queensland (USQ), Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), École pratique des hautes études (EPHE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), PSL Research University (PSL), Université des Antilles (UA)-Institut d'écologie et environnement-Université de la Nouvelle Calédonie (UNC)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de La Réunion (UR)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-École pratique des hautes études (EPHE)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The University of Queensland, Brisbane, Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), USR 3278 CNRS-EPHE CRIOBE, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de La Réunion (UR)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Institut d'écologie et environnement-Université des Antilles (UA), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2019
Předmět:
Statistics and Probability
Data Descriptor
010504 meteorology & atmospheric sciences
Fauna
Biodiversity
Library and Information Sciences
Barcode
01 natural sciences
DNA barcoding
Polynesia
law.invention
Education
03 medical and health sciences
law
biology.animal
Animals
DNA Barcoding
Taxonomic
14. Life underwater
DNA sequencing
lcsh:Science
ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
030304 developmental biology
0105 earth and related environmental sciences
Gene Library
Taxonomy
Shore
0303 health sciences
geography
geography.geographical_feature_category
biology
Coral Reefs
Fishes
Vertebrate
Coral reef
Computer Science Applications
Evolutionary biology
Archipelago
[SDE]Environmental Sciences
lcsh:Q
Statistics
Probability and Uncertainty
[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Genetic databases
Information Systems
Zdroj: Scientific Data
Scientific Data, Nature Publishing Group, 2019, 6 (1), ⟨10.1038/s41597-019-0123-5⟩
Scientific Data (2052-4463) (Nature Publishing Group), 2019-07, Vol. 6, N. 114, P. 8p.
Scientific Data, 2019, 6 (1), ⟨10.1038/s41597-019-0123-5⟩
Scientific Data, Vol 6, Iss 1, Pp 1-8 (2019)
ISSN: 2052-4463
DOI: 10.1038/s41597-019-0123-5⟩
Popis: The emergence of DNA barcoding and metabarcoding opened new ways to study biological diversity, however, the completion of DNA barcode libraries is fundamental for such approaches to succeed. This dataset is a DNA barcode reference library (fragment of Cytochrome Oxydase I gene) for 2,190 specimens representing at least 540 species of shore fishes collected over 10 years at 154 sites across the four volcanic archipelagos of French Polynesia; the Austral, Gambier, Marquesas and Society Islands, a 5,000,000 km2 area. At present, 65% of the known shore fish species of these archipelagoes possess a DNA barcode associated with preserved, photographed, tissue sampled and cataloged specimens, and extensive collection locality data. This dataset represents one of the most comprehensive DNA barcoding efforts for a vertebrate fauna to date. Considering the challenges associated with the conservation of coral reef fishes and the difficulties of accurately identifying species using morphological characters, this publicly available library is expected to be helpful for both authorities and academics in various fields.
Design Type(s)population data analysis objective • biodiversity assessment objectiveMeasurement Type(s)fishTechnology Type(s)taxonomic diversity assessment by targeted gene surveyFactor Type(s)Species • geographic locationSample Characteristic(s)Actinopterygii • French Polynesia • ocean biome Machine-accessible metadata file describing the reported data (ISA-Tab format)
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: