Phi-score: A cell-to-cell phenotypic scoring method for sensitive and selective hit discovery in cell-based assays

Autor: Ricky Bhajun, Stéphanie Combe, Jean-Philippe Vert, Eric Sulpice, J. Pablo Radicella, Philippe Rouillier, Christian Lajaunie, Mélissa Mary, Xavier Gidrol, Anna Campalans, Frédéric Fer, Guillaume Pinna, Patricia Obeid, Laurent Guyon
Přispěvatelé: Laboratoire de Biologie à Grande Échelle ( BGE - UMR S1038 ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Grenoble Alpes [Saint Martin d'Hères]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Cancer et génôme: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -INSTITUT CURIE, Centre de Bioinformatique ( CBIO ), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-PSL Research University ( PSL ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Cellules Souches et Radiations ( SCSR - U 967 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), This work was funded by grants from the Agence Nationale de la Recherche (Investissements d’avenir), the pôle de compétitivité MEDICEN and CEA. The screen was funded by a grant from the Association pour la Recherche sur le Cancer (n°PJA 20131200165 to JPR)., Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Bioinformatique (CBIO), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stabilité génétique, Cellules Souches et Radiations (SCSR (U_967)), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-PSL Research University (PSL), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cellules Souches et Radiations (SCSR (U967 / UMR-E_008)), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre de Géosciences (GEOSCIENCES), PARi (PARI), Département Plateforme (PF I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire (IRCM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Cellules Souches et Radiations (SCSR - U 967), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes (LITIS), Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU), PSL Research University (PSL)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Institut Curie
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2015
Předmět:
Zdroj: Scientific Reports
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, 5 (14221), 〈http://www.nature.com/articles/srep14221〉. 〈10.1038/srep14221〉
Scientific Reports, 2015, 5 (14221), ⟨10.1038/srep14221⟩
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, 5 (14221), ⟨10.1038/srep14221⟩
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, 5 (1), ⟨10.1038/srep14221⟩
ISSN: 2045-2322
DOI: 10.1038/srep14221〉
Popis: Phenotypic screening monitors phenotypic changes induced by perturbations, including those generated by drugs or RNA interference. Currently-used methods for scoring screen hits have proven to be problematic, particularly when applied to physiologically relevant conditions such as low cell numbers or inefficient transfection. Here, we describe the Φ-score, which is a novel scoring method for the identification of phenotypic modifiers or hits in cell-based screens. Φ-score performance was assessed with simulations, a validation experiment and its application to gene identification in a large-scale RNAi screen. Using robust statistics and a variance model, we demonstrated that the Φ-score showed better sensitivity, selectivity and reproducibility compared to classical approaches. The improved performance of the Φ-score paves the way for cell-based screening of primary cells, which are often difficult to obtain from patients in sufficient numbers. We also describe a dedicated merging procedure to pool scores from small interfering RNAs targeting the same gene so as to provide improved visualization and hit selection.
Databáze: OpenAIRE
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