Identification and Characterization of a Novel Large Insertion/Deletion Polymorphism of 1464 Base Pair in the Human Thyroglobulin Gene
| Autor: | Viviana Varela, Fernando Mendive, Héctor M. Targovnik, Christian M. Moya, Carina M. Rivolta |
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| Rok vydání: | 2003 |
| Předmět: |
Genetics
Polymorphism Genetic Base Sequence Base pair Endocrinology Diabetes and Metabolism Molecular Sequence Data Intron Biology Polymerase Chain Reaction Thyroglobulin Molecular biology Endocrinology Gene Frequency DNA Transposable Elements Humans Insertion deletion Thyroglobulin Gene Indel Alleles Gene Deletion |
| Zdroj: | CONICET Digital (CONICET) Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas instacron:CONICET |
| ISSN: | 1557-9077 1050-7256 |
| Popis: | We identified a novel large insertion/deletion (Indel) polymorphism of 1464 bp localized in intron 18 of the human thyroglobulin gene. Data from sequence showed a high A+T content (62%), two 17-bp long motif repeats, and three different types of 10-bp long palindromic sequences. The comparison between these 1464 bp and sequences deposited in National Center for Biotechnology Information (NCBI)/GenBank database exhibit a nonsignificant degree of homology with any previously described sequences. The long polymerase chain reaction (PCR) method was used to amplify the genomic DNA region containing intron 17/exon 18/intron 18/exon 19/intron 19 by primers situated in the introns 17 and 19. The amplification generates two fragments of 3.5 and 5.0 kb that correspond to the exclusion or inclusion of a 1464-bp segment, respectively. Both variants are thus widely represented in the human population; giving allele frequencies of 0.56 (insertion) and 0.44 (deletion). Finally, the polymorphism was confirmed by sequence analysis of the 5.0- and 3.5-kb amplified fragments. Fil: Moya, Christian M.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Genética y Biología Molecular; Argentina Fil: Varela, Viviana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Genética y Biología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina Fil: Rivolta, Carina Marcela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Genética y Biología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina Fil: Mendive, Fernando M. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Genética y Biología Molecular; Argentina Fil: Targovnik, Hector Manuel. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Genética y Biología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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