Serum/Plasma-Fraktionierung mittels ProteoMiner™: Ein Neues leistungsfähiges Werkzeug für die klinische Proteomanalyse

Autor: H Avci, Sonja Hartwig, Jorg Kotzka, W Passlack, Juergen Eckel, Stefan Lehr
Rok vydání: 2009
Předmět:
Zdroj: Diabetologie und Stoffwechsel. 4
ISSN: 1861-9010
1861-9002
DOI: 10.1055/s-0029-1221976
Popis: Fragestellung: Die Analyse komplexer Proteinpattern von Serum/Plasma spielt bei der Identifizierung neuer diagnostisch sowie klinisch relevanter Marker eine enorm wichtige Rolle. Aufgrund der Komplexitat und der grosen Dynamik der verschiedenen Proteinspezies im Blut ist eine umfangreiche Probenfraktionierung jedoch Voraussetzung fur nachfolgende Untersuchungen. In diesem Kontext stellen gekoppelte kombinatorische Hexapeptid-Liganden Bibliotheken (ProteoMiner™) ein neuartiges und wirkungsvolles Werkzeug zur Anreicherung von niedrig abundanten Proteinen dar. Ziel dieser Studie war es diese Technologie fur Ihren Einsatz in der klinischen Proteomanalyse zu evaluieren. Insbesondere sollte die fundamentale Frage beantwortet werden ob die native Probenzusammensetzung durch die Fraktionierung unbeeinflusst bleibt und so fur quantitative Proteomanalysen geeignet ist. Methodik: Mittels kombinatorischer Hexapeptid-Liganden wurde die Konzentration von hochabundanten Serumproteine verringert und gleichzeitig die der niedrig abundanten stark erhoht und so erst einer Analyse mittels 2-dimensionaler Gelelektrophorese zuganglich gemacht. Um zu untersuchen, ob die Proportionalitat der verschiedenen niedrig abundanten Proteinspezies wahrend der Fraktionierung erhalten bleibt, wurden gleiche Mengen von humanen Serumproben (je 60mg) mit unterschiedlichen Mengen eines zweiten komplexen Proteoms (E. coli; 3–300µg) versetzt. Dieses gespikte Proteom simuliert eine komplexe Mischung niedrig abundanter Proteine, die durch eine spezielle Fluoreszenzfarbung uber den gesamten Fraktionierungsprozess quantifiziert werden kann. Nach Prozessierung mittels ProteoMiner™ wurden die beiden Proteome uber einen 2D-Ansatz im SDS-Gel dargestellt und quantifiziert. Ergebnisse: Nach Fraktionierung mittels ProteoMiner™konnte die Zahl der reproduzierbar darstellbaren Proteinspots nahezu verdoppelt werden. Daruber hinaus zeigten Untersuchungen zur Reproduzierbarkeit zwischen verschiedenen Aufarbeitungen keinen signifikanten Unterschied (p
Databáze: OpenAIRE
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