Caracterización molecular del segmento 4 del virus de la tilapia de lago aislado de tilapias (Oreochromis niloticus) cultivadas en Perú

Autor: A Adhemir Valera, S Alberto Manchego, C Nieves Sandoval, R Antonio Herrera, H Shirley Palacios, S Gina Castro
Rok vydání: 2021
Předmět:
Zdroj: Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú. 32:e20016
ISSN: 1682-3419
1609-9117
DOI: 10.15381/rivep.v32i2.20016
Popis: El objetivo del presente estudio fue la caracterización molecular del segmento 4 del virus de la tilapia de lago (TiLV) detectado en tilapias de cultivo de los departamentos de Piura (Costa) y San Martín (Selva) en un brote ocurrido en 2017-2018. En el brote se obtuvo 26 muestras positivas a TiLV, de las cuales se seleccionaron cinco muestras positivas. El diagnóstico de estas muestras se realizó a través de un RT-PCR anidado con cebadores dirigidos al segmento 3 y los productos de PCR fueron secuenciados. Para la amplificación y análisis del segmento 4 del genoma del TiLV se realizó un RT-PCR donde se diseñaron cebadores específicos. La secuenciación se hizo con la empresa Macrogen (Corea del Sur), mediante secuenciación bidireccional por el método de Sanger automatizado. El análisis filogenético se realizó a partir de las secuencias alineadas por medio del método de Neighbor-Joining (NJ) y la característica de la proteína hipotética del gen se realizó con el programa Phyre2. Se obtuvieron cuatro secuencias completas del segmento 4 (1 de Piura y 3 de San Martín) con una longitud de 1190 pb siendo comparadas con dos secuencias de Israel y una de Tailandia, cepas referenciales correspondientes al segmento 4 de TILV publicadas GeneBank. El análisis filogenético del segmento 4 determinó la presencia de un genogrupo TiLV local, además de indicar que las muestras peruanas presentan mayor relación genética con el clado de cepas de Israel. El análisis de distancia genética muestra que las muestras peruanas mostraron valores de identidad nucleotídica de 99.7-100% entre ellas, determinando que los brotes de ambos lugares fueron producidos por la misma cepa viral, y tienen una identidad de 97.5-97.7% con cepas de Israel y 97.0-97.1% con cepas de Tailandia. Se determinó que la proteína hipotética a partir del segmento 4 del TiLV tiene una región con una homología estructural con la proteína neuraminidasa N6 del pato inglés con 12% de cobertura, 44% de identidad y 24.9% de confianza.
Databáze: OpenAIRE
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