Phylogenetic relationships in three species of canineDemodexmite based on partial sequences of mitochondrial 16S rDNA

Autor: Laura Altet, Olga Francino, Mar Bardagí, Natalia Sastre, Armand Sánchez, Ivan Ravera, Lluís Ferrer, Sergio Villanueva
Rok vydání: 2012
Předmět:
Zdroj: Veterinary Dermatology. 23:509-e101
ISSN: 0959-4493
DOI: 10.1111/vde.12001
Popis: Background – The historical classification of Demodex mites has been based on their hosts and morphological features. Genome sequencing has proved to be a very effective taxonomic tool in phylogenetic studies and has been applied in the classification of Demodex. Mitochondrial 16S rDNA has been demonstrated to be an especially useful marker to establish phylogenetic relationships. Hypothesis/Objectives – To amplify and sequence a segment of the mitochondrial 16S rDNA from Demodex canis and Demodex injai, as well as from the short-bodied mite called, unofficially, D. cornei and to determine their genetic proximity. Methods – Demodex mites were examined microscopically and classified as Demodex folliculorum (one sample), D. canis (four samples), D. injai (two samples) or the short-bodied species D. cornei (three samples). DNA was extracted, and a 338 bp fragment of the 16S rDNA was amplified and sequenced. Results – The sequences of the four D. canis mites were identical and shared 99.6 and 97.3% identity with two D. canis sequences available at GenBank. The sequences of the D. cornei isolates were identical and showed 97.8, 98.2 and 99.6% identity with the D. canis isolates. The sequences of the two D. injai isolates were also identical and showed 76.6% identity with the D. canis sequence. Conclusion – Demodex canis and D. injai are two different species, with a genetic distance of 23.3%. It would seem that the short-bodied Demodex mite D. cornei is a morphological variant of D. canis. Resume Contexte – La classification historique des acariens Demodex repose sur leurs hotes et leurs caracteristiques morphologiques. Le sequencage du genome s’avere etre un outil tres efficace dans les etudes phylogenetiques et a ete utilise dans la classification des Demodex. Il a ete demontre que l’ADNr 16S mitochondrial etait un marqueur particulierement utile pour etablir des relations phylogenetiques. Hypotheses/Objectifs – Amplifier et sequencer un segment d’ADNr 16S mitochondrial de Demodex canis et Demodex injai, ainsi que l’acarien a corps court appele officieusement Demodex cornei, et determiner leur proximite genetique. Methodes – Les acariens Demodex ont ete examines au microscope et classifies en tant que Demodex folliculorum (un echantillon), D. canis (quatre echantillons), D. injai (deux echantillons) ou D. cornei (trois echantillons). L’ADN a ete extrait et un fragment de 338 pb de l’ADNr 16S a ete amplifie et sequence. Resultats – Les sequences des quatre acariens D. canisetaient identiques et presentaient 99.6 et 97.3% de similitudes avec deux sequences de D. canis disponibles a GenBank. Les sequences des echantillons de D. corneietaient identiques et montraient une similitude de 97.8, 98.2 et 99.6% avec les echantillons de D. canis. Les sequences de deux isolats de D. injaietaient egalement identiques et montraient une correspondance de 76.6% avec la sequence de D. canis. Conclusion – Demodex canis et D. injai sont deux especes differentes, avec une distance genetique de 23.3%. Il semblerait que le Demodexa corps court, appele officieusement D. cornei, soit un variant morphologique de D. canis. Resumen Introduccion – la clasificacion historica de los acaros Demodex se ha basado en los hospedadores y en sus caracteristicas morfologicas. La secuenciacion del genoma ha demostrado ser una herramienta taxonomica muy efectiva en estudios filogeneticos y se ha aplicado en la clasificacion de Demodex. El gen mitocondrial 16S rDNA se ha caracterizado como un marcador especialmente util para establecer relaciones filogeneticas. Hipotesis/objetivos – amplificar y secuenciar un segmento del gen mitocondrial 16S rDNA de Demodex canis y Demodex injai, asi como del acaro de cuerpo corto llamado de forma no oficial Demodex cornei, y determinar su proximidad genetica. Metodos – acaros Demodex se examinaron microscopicamente y se clasificaron como Demodex folliculorum (una muestra), D. canis (cuatro muestras), D. injai (dos muestras) o el acaro de cuerpo corto denominado de forma no oficial D. cornei (tres muestras). Se extrajo el DNA y se amplifico y secuencio un fragmento de 338 pares de bases del gen mitocondrial 16S rDNA. Resultados – las secuencias del los cuatro acaros D. canis fueron identicas y presentaron un 99,6 y 97,3% de identidad con dos de las secuencias disponibles en GenBank. Las secuencias del los aislados de D. cornei fueron identicas y mostraron 97,8; 98,2 y 99,6% de identidad con los aislados de D. canis. Las secuencias de los dos aislados de D. injai tambien fueron identicas y mostraron 76,6% de identidad con la secuencia de D. canis. Conclusion – D. canis and D. injai son dos especies distintas con una distancia genetica del 23,3%. Parece que el acaro Demodex de cuerpo corto denominado D. cornei de forma no oficial es una variante morfologica de D. canis. Zusammenfassung Hintergrund – Die historische Systematik der Demodexmilben basierte bisher auf den jeweiligen Wirten und den morphologischen Charakteristika der Milben. Die Genomsequenzierung hat sich als sehr effektives taxonomisches Mittel bei phylogenetischen Studien erwiesen und fand bei der Klassifizierung der Demodexmilben ihre Anwendung. Es konnte mitochondrale 16S rDNA als besonders sinnvoller Marker zur Erstellung phylogenetischer Verwandtschaften demonstriert werden. Hypothese/Ziele – Amplifizierung und Sequenzierung eines Segments der mitochondralen 16S rDNA von Demodex canis und Demodex injai, sowie von der Milbe mit kurzem Rumpf, die inoffiziell als Demodex cornei bezeichnet wurde, und Bestimmung ihrer genetischen Nahe. Methoden – Die Demodexmilben wurden mikroskopisch untersucht und als Demodex folliculorum (eine Probe), D. canis (vier Proben), D. injai (zwei Proben) oder als die Spezies mit kurzem Rumpf, inoffiziell als D. cornei bezeichnet (drei Proben), eingeteilt. Es wurde DNA extrahiert und ein Fragment mit 338 bp der 16S rDNA amplifiziert und sequenziert. Ergebnisse – Die Sequenzen der vier D. canis Milben waren identisch und zeigten eine 99,6 und 97,3%ige Identitat mit den zwei verfugbaren D. canis Sequenzen aus der GenBank. Die Sequenzen der D. cornei Isolate waren identisch und zeigten eine 97,8, 98,2 und 99,6%ige Identitat mit den D. canis Isolaten. Die Sequenzen der beiden D. injai Isolate waren ebenfalls identisch und zeigten eine 76,6%ige Identitat mit der D. canis Sequenz. Schlussfolgerung – Demodex canis und D. injai sind zwei verschiedene Spezies mit einer genetischen Distanz von 23,3%. Es scheint, dass die Demodexmilbe mit kurzem Rumpf, die inoffiziell als D. cornei bezeichnet wird, eine morphologische Variante von D. canis darstellt.
Databáze: OpenAIRE