| Popis: |
C использованием нелинейного уравнения синус-Гордона и его решения - кинка - моделировали и изучали динамику транскрипционного пузыря в плазмиде pPF1. На основе рассчитанного энергетического профиля плазмиды pPF1 и ее модификаций было показано, что минимальная потенциальная энергия формирования кинка или нуклеации транскрипционного пузыря соответствует области между генами белков Egfp и mCherry. Вставка в область между Egfp и mCherry однородных последовательностей показала, что кинк с большей вероятностью активируется в polyT или polyC по сравнению с polyA или polyG, что свидетельствует о зависимости нуклеации транскрипционного пузыря от физической массы оснований. В случае вставок в область между Egfp и mCherry небольших фрагментов природной последовательности Escherichia coli модель позволяет выявить нити ДНК с наибольшей вероятностью нуклеации транскрипционного пузыря и соответственно определить направление (в сторону гена Egfp или mCherry) транскрипции, что говорит о связи между направлением транскрипции и энергетическим профилем плазмиды. |
