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Introduction et but de l’etude De nombreux travaux suggerent un role essentiel du microbiote intestinal dans differents dysfonctionnements tels qu’obesite, pathologies chroniques intestinales et cancer. Le but de notre etude est de caracteriser le microbiote intestinal d’une cohorte de patientes atteintes de cancer du sein par comparaison a celui d’un groupe temoins. Materiel et methodes Les selles de 25 patientes nouvellement diagnostiquees pour un cancer du sein, avant toute intervention therapeutique et de 30 femmes temoins, sans antecedent de pathologie cancereuse, ont ete collectees. Apres extraction, l’ADN bacterien a ete sequence par la technologie Illumina (region V3–V4 de l’ADNr 16S). L’analyse bioinformatique a permis de generer les profils taxonomiques des echantillons, ainsi que les indices de richesse (Chao) et de diversite (Shannon) correspondants. Une analyse statistique a ete menee afin d’identifier les taxa (avec correction pour multiplicite des tests) ou indices differentiellement abondants entre les deux groupes. Resultats et analyse statistique Les deux populations de l’etude sont comparables en termes d’IMC et de statut menopausique. Cependant, les patientes sont significativement plus âgees que les temoins (63,0 ans vs 55,1 ans, p = 0,0056). Les patientes presentent majoritairement un cancer du sein canalaire (81 %), RH+ (100 %), de grade II (64 %). L’analyse a permis de montrer une diversite plus faible dans le groupe cancer du sein (4,9 vs 5,2, p = 0,0082), tandis qu’aucune difference de richesse n’a pu etre mise en evidence entre les deux populations. Des differences d’abondances relatives de certains phyla ont egalement ete montrees entre les deux groupes, avec notamment une augmentation de Firmicutes (61,6 % vs 54,2 %, padj = 0,031) et une diminution de Bacteroidetes (27,2 % vs 37,0 %, padj = 0,006) dans le groupe patientes. Au rang de la famille, aucune difference d’abondances relatives n’a ete observee entre les populations. Parmi les genres bacteriens, Coprococcus (Phylum Firmicutes), et dans une moindre mesure Odoribacter et Butyricimonas (Phylum Bacteroidetes), ont des abondances relatives significativement plus faibles dans le groupe cancer du sein par rapport aux temoins (respectivement, 1,4 % vs 2,8 %, padj = 0,030 ; 0,1, % vs 0,3 %, padj = 0,104 et 0,1 % vs 0,3 %, padj = 0,052). A l’inverse, les genres Clostridium XVIII et Lachnospira (Phylum Firmicutes) ont des abondances relatives plus importantes dans la cohorte de patientes (0,8 % vs 0,3 %, padj = 0,056 et 1,2 % vs 0,6 %, padj = 0,10). Conclusion Notre approche comparative des flores intestinales par metasequencage cible d’un groupe temoin et d’un groupe de patientes atteintes de cancer du sein non traitees, met en evidence une moindre diversite microbienne chez les patientes. La composition bacterienne intestinale differe significativement entre les deux groupes, en termes d’abondances relatives des phyla Bacteroidetes et Firmicutes, et de certains genres bacteriens. Cette etude constitue une approche preliminaire a l’exploration des mecanismes permettant de clarifier le role du microbiote dans le developpement du cancer du sein. |
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