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Objectif Presenter une plateforme bio-informatique permettant le developpement de methode et la quantification de molecules d’interets toxicologiques (drogues et medicaments). Methode La quantification de petites molecules est devenue essentielle dans les sciences du vivant ainsi qu’en toxicologie. La quantification par LC-MS s’effectue preferentiellement sur des spectrometres de masse de type triple quadripole. Le mode d’acquisition « selected reaction monitoring » (SRM ou MRM) est le mode privilegie pour la quantification. Generalement l’optimisation des transitions se fait en utilisant des solutions standards pour chaque compose a analyser. XCMS-MRM et METLIN-MRM, propose un moyen informatique en ligne et en libre acces, constitue d’une base de donnees de transitions MRM et d’un logiciel de quantification. La librairie de transitions MRM (METLIN-MRM) a ete construite en utilisant des transitions optimisees de facon experimentalement (traditionnelle), des transitions optimisees de facon computationnel et enfin des transitions issues de la litterature. La plateforme de quantification en ligne (XCMS-MRM) quant a elle est compatible avec les donnees brutes issues de n’importe quelle marque d’instrument. Elle permet ainsi l’integration automatique, l’etablissement des droites de calibrations, la determination de la LOD et LOQ, l’evaluation des QCs et aussi l’analyse statistique des donnees. Ces outils sont directement utilisables sur internet et ne necessitent pas le telechargement de logiciels. Les donnees sont stockees sur un serveur “cloud” pour etre traitees. Resultats L’evaluation des transitions etablies de facon computationnelles a ete faite en les comparant avec les transitions optimisees de facon experimentalement pour 641 molecules, (metabolites endogenes, drogues, medicaments, …). Dans 90 % des cas, les molecules partageaient au moins une transition commune. Et dans 62 % des cas, les molecules partageaient au moins une transition commune et avaient une energie de collision identique. L’evaluation des performances de la plateforme de quantification a ete faite en comparant les resultats obtenus en utilisant les logiciel Analyst® ou Multiquant® (logiciels de fabricant) a ceux obtenus avec XCMS-MRM. Les resultats d’analyses quantitatives du THC et de la cocaine, ainsi que leurs metabolites respectifs, ont ete compares pour 354 echantillons sanguins. Pour la cocaine et ses metabolites l’erreur relative entre les deux methodes etait inferieur a 15 % et pour le THC et ses metabolites, l’erreur relative etait inferieure a 20 % [1] . Conclusion XCMS-MRM et METLIN-MRM proposent une plateforme informatique libre acces pour le developpement de methode et la quantification par LC-MRM/MS. La base de donnees regroupe plus de 23 000 transitions et l’interface de quantification, simple a utiliser et convivial, est compatible avec les donnees d’issues des differents constructeurs de spectrometre de masse. |
