АНАЛИЗ НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНА GPCR ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ РОДА CAPRIPOXVIRUS С ПОМОЩЬЮ СПЕКЛ-ИНТЕРФЕРОМЕТРИИ GB-СПЕКЛОВ И ВЫЧИТАНИЯ ИХ ИЗОБРАЖЕНИЙ
| Rok vydání: | 2020 |
|---|---|
| Předmět: | |
| DOI: | 10.24411/2541-9269-2020-10202 |
| Popis: | В данной статье рассмотрены алгоритмы преобразования нуклеотидных последовательностей (биодигитализации) гена GPCR представителей рода Capripoxvirus в виртуальные оптические спеклы (GB-спеклы). Для различных штаммов вирусов заразного узелкового дерматита крупного рогатого скота и оспы овец получены двумерные распределения интенсивности и фазы GB-спеклов. С целью выявления различий между исходными нуклеотидными последовательностями были изучены интерференционные картины, появляющихся суперпозиций GB-спекл полей и разности изображений GB-спеклов. Показана возможность использования цветных GB-спеклов для выявления различий между сопоставляемыми нуклеотидными последовательностями. Продемонстрирована высокая эффективность предложенных методов для детекции полиморфизма нуклеотидных последовательностей гена GPCR как молекулярной основы внутривидовой дискриминации каприпоксвирусов. This article discusses algorithms for converting nucleotide sequences (bio-digitalization) of the representatives of the gene GPCR of the genus Capripoxvirus into virtual optical gene-based speckles (GB-speckles). For different strains of cattle lumpy skin disease virus (LSDV) and sheeppox virus (SPPV) two-dimensional distributions of the intensity and phase of GB-speckles are obtained. In order to reveal the differences between the initial nucleotide sequences, the interference patterns of the appearing superpositions of GB-speckle fields and the difference in images of GB-speckles were studied. The possibility of using of colour GB-speckles to identify differences between the nucleotide sequences being matched is shown. High efficiency of the proposed methods for detecting polymorphism of nucleotide sequences of the GPCR gene as the molecular basis for intraspecific discrimination of Capripoxvirus is successfully demonstrated. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
|