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Les corticosurrenalomes presentent des alterations somatiques recurrentes de certains genes (principalement ZNRF3 , CTNNB1 , TP53 , CDKN2A , RB1 , TERT ). Ce sont le plus souvent des mutations. Cependant certains genes ( ZNRF3 , CDKN2A , RB1) peuvent etre inactives par de larges deletions homozygotes. Objectif Evaluer la possibilite de detecter les deletions larges par sequencage cible haut debit. Methode Soixante-quinze corticosurrenalomes ont ete analyses a la fois par puce SNP (Illumina), et sequencage haut debit (IonTorrent, LifeTechnologies) ciblant 15 genes mutes dans les corticosurrenalomes, apres capture par PCR (AmpliSeq, LifeTechnologies). Un programme specifique developpe en R, analyse : – le sequencage : nombre de sequences pour tous les amplicons de chaque gene (profondeur) ; – les SNP : nombre de copies d’ADN et ratio allelique. Resultats En sequencage cible, 11 deletions homozygotes sont identifiees (4 pour ZNRF3, 4 pour CDKN2A, 2 pour RB1, et 1 pour BAI1). 8/11 de ces deletions homozygotes sont identifiables par puce SNP, et 3 deletions homozygotes (ZNRF3, CDKN2A et BAI1) ne le sont pas (probable resolution insuffisante des puces). Parmi les 51 pertes chromosomiques identifiables en puce SNP (deletions heterozygotes), 26 sont detectees en sequencage cible. Parmi les 28 gains chromosomiques larges identifies en puce SNP, 23 sont detectes en sequencage cible. Cependant la detection des gains par sequencage est peu specifique (70 faux positifs). Conclusion Au-dela de l’information de sequence, la profondeur du sequencage haut debit identifie les deletions homozygotes, et probablement les deletions heterozygotes. Ceci permettra le developpement d’outils de classification moleculaire des corticosurrenalomes par sequencage cible. |
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