Caracterización genómica y proteómica de aislados ambientales y clínicos de cryptococcus gattii y C. Neoformans en Cúcuta, Norte de Santander, Colombia

Autor: Angarita Sánchez, Asbleide Karina
Přispěvatelé: Parra Giraldo, Claudia Marcela, Cárdenas Sierra, Denny-Miley
Jazyk: Spanish; Castilian
Rok vydání: 2019
Předmět:
Zdroj: Repositorio Universidad de Santander
Universidad de Santander
instacron:Universidad de Santander
Popis: 84 p
La Criptococosis es una micosis oportunista, adquirida por la inhalación de propágulos fúngicos presentes en el ambiente, siendo una infección potencialmente fatal que afecta los pulmones y el sistema nervioso central, tanto en personas inmunosuprimidas como inmunocompetentes, causada por dos especies patógenas para humanos. El Grupo Colombiano para el estudio de la Criptococosis ha reportado aislamientos de Cryptococcus neoformans y C. gattii tanto a partir de muestras clínicas como ambientales en la ciudad de Cúcuta, considerado un municipio relevante respecto al reporte de casos de ambas especies, en encuestas nacionales. El objetivo de este estudio fue establecer la concordancia entre relación genética y proteómica de aislados clínicos y ambientales de C. neoformans y C. gattii en la ciudad de Cúcuta, se colectaron un total 1300 muestras de 446 árboles de 10 especies diferentes a partir de 10 zonas públicas; adicionalmente, se obtuvieron 6 aislamientos clínicos de C. neoformans durante junio de 2016 a junio de 2017, provenientes de la Empresa Social del Estado Hospital Universitario Erasmo Meoz, los cuales fueron cultivados en agar semillas de Guizottia abysinica para identificación fenotípica por pruebas bioquímicas y se realizó tipificación genética por PCR-huella digital, RFLP-URA5 y caracterización proteómica empleando MALDI TOF MS. Se obtuvieron 19/446 (4,3%) árboles positivos para aislamiento de C. neoformans y 1/446 (0,2%) para C. gatti en la población arbórea evaluada para un total de 21 aislamientos (dos de un mismo individuo), de los cuales 10/21 (47,6%), correspondientes a C. neoformans, provenían del Parque Santander y el único aislado de C. gattii provenía del parque Mercedes Ábrego. Con relación a los aislamientos clínicos 6/6(100%) fueron identificados como C. neoformans var. grubii VNI.
Cryptococosis is an opportunistic mycosis, acquired by the inhalation of fungal propagules present in the environment, being a potentially fatal infection that affects the lungs and the central nervous system, is that affects immunocompetent and immunodeficient individuals, caused by two pathogenic species for humans. The Colombian Group for the study of Criptococosis has reported isolates of Cryptococcus neoformans and C.gattii in both clinical and environmental samples in the city of Cúcuta. considered a relevant city regarding the reporting of cases of both species, in national surveys. The objective of this study las to establish the concordance between the genetic and proteomic relationship of clinical and environmental isolates of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii in the city of Cúcuta. A total of 1300 samples were collected from 446 trees of 10 different species from 10 public areas; additionally, they were obtained 6 clinical isolates of Cryptococcus neoformans. were obtained during June 2016 to June 2017, from Hospital Universitario Erasmo Meoz were cultivated in Guizottia abysinica medium and were then biochemically identified and genetic typing by Fingerprinting PCR, RFLP of the URA5 gene and proteomics by MALDI TOF MS. This yielded 19/446 (4.3%) positive trees for isolation of C. neoformans and 1/446 (0.2%) for C. gatti, the tree population evaluated for a total of 21 isolates (two from the same individual), of which 10/21 (47.6%), corresponding to C. neoformans, came from the Santander Park and the only one isolated from C. gattii came from the Mercedes Ábrego Park. In relation to clinical isolates 6/6 (100%) were identified as C. neoformans var. grubii VNI.
Maestría
Magister en Investigación en enfermedades Infecciosas
INTRODUCCIÓN 1 2.MARCO TEÓRICO 4 2.1 CICLO BIOLOGICO Cryptococcus neoformans/C. gattii 4 2.2 FACTORES DE VIRULENCIA Y EVASIÓN DEL SISTEMA INMUNE 5 2.3 TAXONOMIA Cryptococcus neoformans/C. gattii 6 2.4 CRIPTOCOCCOSIS 8 2.5 IDENTIFICACION MOLECULAR 10 2.5.1 PCR para la identificación de hongos patógenos a nivel de especie 11 2.5.2 Identificación genotípica de tipos moleculares de C. neoformans y C. gattii 13 2.5.3 Identificación proteómica de tipos moleculares de C. neoformans y C. gattii 15 3.OBJETIVOS 18 3.1 OBJETIVO GENERAL 18 3.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS 18 4.MATERIALES Y MÉTODOS 19 4.1. POBLACIÓN 19 4.2 PROCESAMIENTO DE MUESTRAS AMBIENTALES 20 4.3 PROCESAMIMENTOS DE AISLADOS CLÍNICOS 23 4.4 EXTRACCIÓN DE ADN 23 4.5 DETERMINACIÓN DE PATRÓN MOLECULAR PCR-HUELLA DIGITAL 24 4.6 DETERMINACIÓN DEL PATRÓN MOLECULAR POR RFLP- GEN URA5 25 4.7 CARACTERIZACIÓN PROTEOMICA POR MALDI TOF 26 4.8 ANÁLISIS MOLECULAR: 28 5. RESULTADOS 30 5.1 CARACTERIZACIÓN DE MUESTRAS AMBIENTALES 30 5.2 CARACTERIZACIÓN DE MUESTRAS CLÍNICAS 33 5.3 RELACIÓN GENÉTICA ENTRE LOS AISLADOS DE c. neoformans 35 6. DISCUSIÓN 37 7. CONCLUSIONES 44 8. RECOMENDACIONES 45 BIBLIOGRAFIA 46 ANEXOS 49
Ej. 1
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