Modelo de evaluación para resolver problemas de filogenia molecular en el género Fusarium, basado en los análisis de microsecuencias de ADN de multilocus conservados
| Autor: | Rincón Sandoval, Cindy Melissa |
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| Přispěvatelé: | Aristizábal Gutiérrez, Fabio Ancizar (Thesis advisor), Filgueira Duarte, Juan José |
| Jazyk: | Spanish; Castilian |
| Rok vydání: | 2014 |
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| Zdroj: | Repositorio UN Universidad Nacional de Colombia instacron:Universidad Nacional de Colombia |
| Popis: | La filogenia que se hace utilizando métodos moleculares dentro del género Fusarium es controversial, por las diferencias presentadas entre los resultados obtenidos al analizar diferentes genes útiles para hacer filogenia. Al analizar las secuencias de ADN obtenemos arboles con clados que muestran diferentes distribuciones de las especies estudiadas. El presente trabajo explora la posibilidad de utilizar microsecuencias de genes conservados para resolver problemas de clasificación taxonómica y de filogenia de las especies pertenecientes al género Fusarium. Para esto, se evaluaron trece especies del géneroFusarium (F. anthophilum, F. avenaceum, F. culmorum F. equiseti, F. foetens, F. graminearum, F. oxysporum F. proliferatum, F. solani, F. sp., F. sporotrichioides,F. subglutinans, F. verticillioides), utilizando 15 parejas de iniciadores que codifican para las regionesgénicas de: cluster de rDNA, β-tubulina, calmodulina, citocromo oxidasa I, factor de elongación 1-α, histonas 3 y 4 y subunidad pequeña ribosomal de RNA. A partir de los resultados obtenidos podemos concluir que el uso de las microsecuencias altamente variables son la mejor opción para resolver los problemas de un gen una historia evolutiva, debido a que los arboles obtenidos mostraron un alto porcentaje de similaridad entre aquellos arboles producto de diferentes regiones génicas y el árbol de caracteres morfológicos. Además el uso de estas microsecuencias elimina homoplasias y reduce artefactos como saturación y atracción de ramas largas lo cual genera inferenciasfilogenéticas erróneas. Abstract. Molecular phylogenies based on individual or concatenated gene sequences from the genus Fusariumare known to show controversial results: Different (combinations) of DNA sequences may result in at times unresolved trees, with different clade distributions and topologie. Besides, morphological and molecular species characterizations vary. In the present work, we exploit the possibilities of highly variable microsequences , with high percentages of transitions and transversions from phylogenetically useful genes for the construction of phylogenetic trees. Single and concatenated microsequences were used from thirteen Fusarium species, using primers that encode for different genic regions of: the rDNA cluster, β-tubulin, calmodulin, cytochrome oxidase, elongation factor, histones 3 and 4 and small subunit ribosomal RNA gene. Al phylogenetic trees were evaluated with congruence tests.By the results, we conclude that the highly variable microsequences are the best choice to solve those problems because these ended up having a high similarity percent between different genic regions, an accurately approximation between morphological species, and reduce artifacts like saturation and attraction of long branch phenomena that produce erroneous phylogenetic results. Maestría |
| Databáze: | OpenAIRE |
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