Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots
| Autor: | Saule, Cédric, Wallon, Claire, Denise, Alain |
|---|---|
| Přispěvatelé: | Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Models for Integrative Biology (AMIB ), Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau] (LIX), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Saule, Cédric |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2010 |
| Předmět: | |
| Zdroj: | GASCOM GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada |
| Popis: | International audience; We give an efficient algorithm to generate random RNA secondary structures with pseudoknots, either uniformly or non uniformly in a controllable fashion. Although we consider a restrictive class of pseudoknots, the class of {\em simple recursive pseudoknots}, it turns out that most of the known real RNA pseudoknotted secondary structures in the biological databases belong to this class. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
|