Interest of Genotyping-by-Sequencing technologies as an alternative to low density SNP chips for genomic selection in layer chicken

Autor: Herry, Florian, Herault, Frédéric, Picard Druet, David, Bardou, Philippe, Eché, Camille, Varenne, Amandine, Burlot, Thierry, Le Roy, Pascale, Allais, Sophie
Přispěvatelé: Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Novogen, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2019
Předmět:
Zdroj: XIth European symposium on poultry genetics (ESPG)
XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019
XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics
Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics. 2019; XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Prague, CZE, 2019-10-23-2019-10-25, 74
Popis: To reduce the cost of genomic selection, low density SNP chip can be used in combination with imputation for genotyping the selection candidates instead of using high density (HD) SNP chip. Concurrently, next-generation sequencing (NGS) techniques has been increasingly used in livestock species but remain expensive to be routinely used in selection. An alternative and costefficient solution is the Genotyping by Genome Reducing and Sequencing (GGRS) techniques to sequence only a fraction of the genome by using restriction enzymes. This approach was simulated from sequences of 1027 individuals in a pure layer line, using four enzymes (EcoRI, TaqI, AvaII and PstI). Imputation accuracy on HD genotypes was assessed as the mean correlation between true and imputed genotypes. Egg weight, egg shell color, egg shell strength and albumen height were evaluated with single-step GBLUP methodology. The impact of imputation errors on the genomic estimated breeding values (GEBV) was also investigated.AvaII or PstI led to the detection of more than 10K SNPs in common with the HD SNP chip resulting in imputation accuracy higher than 0.97. The impact of imputation errors on the ranking of the selection candidates was reduced with Spearman correlation (between GEBV calculated on true and imputed genotypes) higher than 0.97 for AvaII and PstI. Finally, the GGRS approach can be an interesting alternative to low density SNP chip for genomic selection. However, with real data, heterogeneity between individuals with missing data has to be taken into account.
Databáze: OpenAIRE
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