SNP array analysis reveals novel genomic abnormalities including copy neutral loss of heterozygosity in anaplastic oligodendrogliomas

Autor: Idbaih , Ahmed, Ducray , François, Dehais , Caroline, Courdy , Célia, Carpentier , Catherine, De Bernard , Simon, Uro-Coste , Emmanuelle, Mokhtari , Karima, Jouvet , Anne, Honnorat , Jérôme, Chinot , Olivier, Ramirez , Carole, Beauchesne , Patrick, Benouaich-Amiel , Alexandra, Godard , Joël, Eimer , Sandrine, PARKER , Fabrice, Lechapt-Zalcman , Emmanuelle, Colin , Philippe, Loussouarn , Delphine, Faillot , Thierry, Dam-Hieu , Phong, Elouadhani-Hamdi , Selma, Bauchet , Luc, Langlois , Olivier, Le Guerinel , Caroline, Fontaine , Denys, Vauleon , Elodie, Menei , Philippe, Fotso , Marie Janette Motsuo, Desenclos , Christine, Verrelle , Pierre, Verelle , Pierre, Ghiringhelli , François, Noel , Georges, Labrousse , François, Carpentier , Antoine, Dhermain , Frédéric, Delattre , Jean-Yves, Figarella-Branger , Dominique, Renseigné , Non
Přispěvatelé: Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière ( CRICM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Département de neurologie 2 - Mazarin, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre de Référence Maladie Rare 'Syndromes neurologiques Paranéoplasiques', Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hopital Neurologique, Service d'anatomie pathologique et histologie-cytologie [Rangueil], Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital de Rangueil, Service de Neuropathologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie ( CRO2 ), Aix Marseille Université ( AMU ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre de recherche en neurosciences de Lyon ( CRNL ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de Neuro-Oncologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Laboratoire d'Histologie et de Pathologie moléculaire des tumeurs, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-EA 2406, Service de neurochirurgie [Bicêtre], Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers ( CRCNA ), CHU Angers-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Service de neurochirurgie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Hôpital Beaujon, Service de neurochirurgie [Brest], Hôpital de la Cavale Blanche - CHRU Brest ( CHU - BREST ), Institut des Neurosciences de Montpellier - Déficits sensoriels et moteurs ( INM ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Montpellier ( UM ), Centre d'Études Préhistoire, Antiquité, Moyen-Age ( CEPAM ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Service de Neurochirurgie, CHU Nice, CRLCC Eugène Marquis ( CRLCC ), CHU Angers, Micro et nanomédecines biomimétiques ( MINT ), Université d'Angers ( UA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Bretagne Loire ( UBL ), Centre Jean Perrin, CRLCC Jean Perrin, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ), Centre Paul Strauss, CRLCC Paul Strauss, Homéostasie Cellulaire et Pathologies ( HCP ), Université de Limoges ( UNILIM ) -Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique ( GEIST FR CNRS 3503 ) -CHU Limoges, Service d'Hématologie biologique [CHU Limoges], CHU Limoges, Université de Limoges ( UNILIM ), Fédération Mazarin, Département de radiothérapie [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy ( IGR ), Stéroides et système nerveux : physiopathologie moléculaire et clinique, Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -IFR93-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2012
Předmět:
Zdroj: PLoS ONE
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (10), pp.e45950. 〈10.1371/journal.pone.0045950〉
ISSN: 1932-6203
DOI: 10.1371/journal.pone.0045950〉
Popis: International audience; Anaplastic oligodendrogliomas (AOD) are rare glial tumors in adults with relative homogeneous clinical, radiological and histological features at the time of diagnosis but dramatically various clinical courses. Studies have identified several molecular abnormalities with clinical or biological relevance to AOD (e.g. t(1;19)(q10;p10), IDH1, IDH2, CIC and FUBP1 mutations).To better characterize the clinical and biological behavior of this tumor type, the creation of a national multicentric network, named "Prise en charge des OLigodendrogliomes Anaplasiques (POLA)," has been supported by the Institut National du Cancer (InCA). Newly diagnosed and centrally validated AOD patients and their related biological material (tumor and blood samples) were prospectively included in the POLA clinical database and tissue bank, respectively.At the molecular level, we have conducted a high-resolution single nucleotide polymorphism array analysis, which included 83 patients. Despite a careful central pathological review, AOD have been found to exhibit heterogeneous genomic features. A total of 82% of the tumors exhibited a 1p/19q-co-deletion, while 18% harbor a distinct chromosome pattern. Novel focal abnormalities, including homozygously deleted, amplified and disrupted regions, have been identified. Recurring copy neutral losses of heterozygosity (CNLOH) inducing the modulation of gene expression have also been discovered. CNLOH in the CDKN2A locus was associated with protein silencing in 1/3 of the cases. In addition, FUBP1 homozygous deletion was detected in one case suggesting a putative tumor suppressor role of FUBP1 in AOD.Our study showed that the genomic and pathological analyses of AOD are synergistic in detecting relevant clinical and biological subgroups of AOD.
Databáze: OpenAIRE
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