Docking and Biomolecular Simulations on Computer Grids

Autor: Tantar, Alexandru-Adrian, Conilleau, S., Parent, Benjamin, Melab, Nouredine, Brillet, L., Roy, Sylvaine, Talbi, El-Ghazali, Horvath, Dragos
Přispěvatelé: Advanced Learning Evolutionary Algorithms (ALEA), Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Parallel Cooperative Multi-criteria Optimization (DOLPHIN), Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Grid'5000, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2008
Předmět:
Zdroj: Current Computer Aided-Drug Design
Current Computer Aided-Drug Design, Bentham Science Publishers, 2008, 4 (3), pp.235-249. ⟨10.2174/157340908785747438⟩
Current Computer Aided-Drug Design, 2008, 4 (3), pp.235-249. ⟨10.2174/157340908785747438⟩
ISSN: 1573-4099
Popis: International audience; This article outlines the recent developments in the field of large-scale parallel computing applied to molecular simulations, also including some original, preliminary contributions of the authors. It is not meant to be an exhaustive review paper, but rather an introductive material aimed at narrowing the "cultural gap" between the developers and users of molecular simulations (chemists, medicinal chemists and biologists - typical workstation users) and the informatics experts in massively parallel computing. The article starts with a brief overview of the existing molecular simulation techniques, in emphasizing the weaknesses of present approaches and the need for more computer-intensive methods. Docking procedures are the most discussed, given the high importance of this application in computer-aided drug design. An introduction to computer grids is logically pursued with the presentation of some of the most promising large-scale parallel molecular simulations already performed. Eventually, the author's own research program, Docking@Grid, is briefly discussed.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: