Manual Detection of False Overlaps Occured During the Genome Assembly Process
| Autor: | Floreani, Filip |
|---|---|
| Přispěvatelé: | Šikić, Mile |
| Jazyk: | chorvatština |
| Rok vydání: | 2017 |
| Předmět: |
chimeric reads
Lažna preklapanja kimerna očitanja ponavljajuća očitanja sastavljanje genoma Android bioinformatika ponavljajuća očitanja TEHNIČKE ZNANOSTI. Računarstvo bioinformatics repetitive reads bioinformatika Android False overlaps TECHNICAL SCIENCES. Computing genome assembly Lažna preklapanja sastavljanje genoma kimerna očitanja |
| Popis: | Proces sastavljanja genoma temeljen je na analizi preklapanja kratkih očitanja genetskog materijala. Zbog očitanja loše kvalitete, kao i zbog prisutnosti kimernih i ponavljajućih očitanja, osim ispravnih preklapanja pojavljuju se i lažna preklapanja. Detekcija lažnih preklapanja ključna je u postizanju boljeg konačnog rezultata. Jedna od metoda detekcije je generiranje 1D-signala temeljenog na izračunu broja preklapanja svake nukleinske baze pojedinog očitanja, koji se potom prikazuje u obliku grafa. Kroz ovaj rad predstavljeno je aplikacijsko rješenje za Android uređaje, kojim je moguće označiti regije u kojima se pojavljuju lažna preklapanja, kao i sortirati grafove po predefiniranim kategorijama. U radu je data teorijska osnova rješenja, kao i detalji njegove implementacije i konačnog ispitivanja. The genome assembly process is based on overlapping and analyzing short reads of genetic information. False positive overlaps arise in addition to true positive overlaps, as a result of low quality, chimeric and repetitive reads. Detection of these false positive overlaps is key to constructing more accurate and complete genomes. One of the methods for detecting such overlaps is by generating a 1D-signal based on the number of overlaps of each nucleobase in a read, which can then be shown in the form of a chart. This thesis presents an Android application for demarking areas of false overlaps on the aforementioned charts, as well as sorting charts in predefined categories. Both the theoretical and practical solution, as well as the testing process, have been documented inside of this paper. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
|