FastME 2.0: A Comprehensive, Accurate, and Fast Distance-Based Phylogeny Inference Program

Autor: Lefort, Vincent, Desper, Richard, Gascuel, Olivier
Přispěvatelé: Institut de Biologie Computationnelle (IBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2015
Předmět:
Zdroj: Molecular Biology and Evolution
Molecular Biology and Evolution, 2015, 32 (10), pp.2798-2800. ⟨10.1093/molbev/msv150⟩
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2015, 32 (10), pp.2798-2800. ⟨10.1093/molbev/msv150⟩
ISSN: 0737-4038
1537-1719
Popis: International audience; FastME provides distance algorithms to infer phylogenies. FastME is based on balanced minimum evolution, which is the very principle of Neighbor Joining (NJ). FastME improves over NJ by performing topological moves using fast, sophisticated algorithms. The first version of FastME only included Nearest Neighbor Interchange. The new 2.0 version also includes Subtree Pruning and Regrafting, while remaining as fast as NJ and providing a number of facilities: Distance estimation for DNA and proteins with various models and options, bootstrapping, and parallel computations. FastME is available using several interfaces: Command-line (to be integrated in pipelines), PHYLIP-like, and a Web server (http:// www.atgc-montpellier.fr/fastme/).
Databáze: OpenAIRE
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