Results of isolation and genotyping of measles viruses that circulated in 2012–2017 in the Odesa region

Autor: Hrydina, T.L., Honcharov, V.O., Kotlik, L.S., Skopenko, O.V., Hruzevsky, O.A., Radkevich, K.V.
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2021
Předmět:
Zdroj: Aktualʹnaâ Infektologiâ, Vol 9, Iss 5-6, Pp 27-32 (2021)
Актуальна інфектологія-Aktualʹnaâ Infektologiâ; Том 9 № 5-6 (2021); 27-32
Актуальная инфектология-Aktualʹnaâ Infektologiâ; Том 9 № 5-6 (2021); 27-32
ACTUAL INFECTOLOGY; Vol. 9 No. 5-6 (2021); 27-32
ISSN: 2312-4148
2312-413X
Popis: Background. The circulation of different strains of the measles virus is closely related to the region and the incidence rate since circulating strains can change during epidemic outbreaks and in interepidemic periods. According to the WHO, the B3 strain is most common during outbreaks worldwide. Therefore, typing of circulating strains of measles virus, especially during an epidemic outbreak, is an important process, inclu­ding for predicting the development of an epidemic. The study was aimed to identify and determine the genotype of measles virus types that circulate in Ukraine during 2012–2019. Materials and methods. Materials of the reporting documentation of the State Institution “Odessa Regional Laboratory Center of the Ministry of Health of Ukraine” in the Odessa region during 2012–2019 were used and analyzed. Materials from patients with suspected measles were used for molecular biological, genetic, analytical, and statistical approaches investigation. Following the standard WHO protocol for sequencing and phylogenetic analysis, circulating measles virus strains were isolated from the patient in a special culture of Vero/SLAM cells. Measles virus RNA was isolated from the resulting virus-containing material after cultivation and RT-PCR was performed. The resulting cDNA was sent for genotyping, which was carried out at the WHO reference labo­ratory for the diagnosis of measles and rubella in Luxembourg (WHO RRL). Results. Twenty strains of measles virus from 45 samples (urine and nasopharyngeal swabs) from patients diagnosed with measles were isolated during 2012–2014. Virus isolation was not carried out in 2015–2016 due to isolated cases of the disease. Twenty-four virus strains from 164 samples were isolated in 2017. Conclusions. The results obtained at the State Institution “Odessa Regional Laboratory Center” demonstrated that during the interepidemic period of 2012–2014, the D4 geno­type circulated in the region. But since 2017, when there was an increas of cases associated with a new epidemic outbreak, B3, genetic line MVs/Kabul.AFG/20.2014/3 B3 mainly circulates in the region of southern Ukraine. As you can see, these data completely coin­cide with the data about circulating genotypes that were found at a certain time in the European Region, according to the data from the literature.
Актуальність. Циркуляція різних штамів вірусу кору тісно пов’язана з регіоном та рівнем захворюваності, оскільки циркулюючі штами можуть змінюватись в період епідемічних спалахів та в міжепідемічні періоди. За даними ВООЗ, найбільш поширеним під час епідемічних спалахів у всьому світі є генотип B3. Тому типування циркулюючих штамів вірусу кору, особливо під час епідемічного спалаху, є важливим процесом, у тому числі й з метою прогнозування розвитку епідемії. Метою даного дослідження була ідентифікація та визначення генотипу циркулюючих в Україні штамів вірусу кору в період 2012–2019 років. Матеріали та методи. Була використана та проаналізована звітна документація ДУ «Одеський обласний лабораторний центр» МОЗУ в Одеській області за 2012–2019 роки щодо дослідження матеріалів від хворих з підозрою на кір з використанням молекулярно-біологічних, генетичних, аналітичних та статистичних підходів. Відповідно до стандартного протоколу ВООЗ для секвенування та проведення філогенетичного аналізу від пацієнтів виділяли циркулюючі штами вірусу кору з використанням спеціальної культури клітин Vero/SLAM, а після культивування з отриманого вірус-вміщуючого матеріалу виділяли РНК вірусу кору та проводили ЗТ-ПЛР. Отриману кДНК відправляли на генотипування, яке проводилось у референс-лабораторії ВООЗ з діагностики кору та краснухи в м. Люксембурзі. Результати. За період 2012–2014 років було виділено 20 штамів вірусу кору з 45 проб (сеча та носоглоткові змиви) від хворих з діагнозом «кір». У 2015–2016 роках виділення вірусу не проводилось через одиничні випадки захворювання. У 2017 році було виділено 24 штами вірусу зі 164 проб. Висновки. Отримані в ДУ «Одеський обласний лабораторний центр» результати свідчать, що у міжепідемічний період 2012–2014 років у регіоні циркулював переважно генотип D4, а починаючи з 2017 року, коли спостерігається підвищення кількості захворілих, пов’язане з новим епідемічним спалахом, на півдні України циркулює переважно генотип В3, генетичної лінії MVs/Kabul.AFG/20.2014/3 B3. Як бачимо, ці дані цілком збігаються з даними, наведеними у літературних джерелах, щодо циркуляції генотипів, які зустрічались у певний час в Європейському регіоні залежно від кількості захворілих.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: