Projet de pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires

Autor: Frédérique Pitel, Alain Vignal, Sophie Leroux, Katia Feve, Aurelie Tircazes, Mireille Morisson, David Gourichon, Francis Minvielle, Christine Leterrier, Cécile Arnould, Dubos, F., Bernadet, M. D., Christel Marie-Etancelin, Basso, B., Frédéric Herault, Frédéric Lecerf, Joël Besnard, Fanny Calenge, Catherine Beaumont, Klopp, C., Christian Diot
Přispěvatelé: Génétique Animale (GARen), IFR140-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (UE PEAT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique et Diversité Animales (GEDANIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Jazyk: francouzština
Rok vydání: 2008
Předmět:
Zdroj: Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau (FR), France
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau
HAL
Popis: RÉSUMÉ Le but du programme est de combler les déficits en marqueurs observés pour trois espèces aviaires : la caille, le canard et la poule. La stratégie choisie est l'obtention, à partir de plusieurs individus de lignées d'intérêt, de SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polymorphisme d'un nucléotide) par une nouvelle technologie de séquençage à haut débit (séquenceur 454 GS-FLX, Roche). Nous séquençons des représentations réduites du génome, en sélectionnant d'une part des fragments de restriction d'ADN génomique - les mêmes chez tous les individus - et d'autre part les transcrits qui représentent globalement la partie du génome correspondant aux gènes exprimés. Ces expérimentations sont réalisées à partir d'échantillons d'ADN ou d'ARN issus d'individus de lignées à l'origine de croisements existants, pour chacune des trois espèces. Les données générées par plusieurs "runs" de séquence seront traitées in silico : contigage à haut débit, recherche de SNP, comparaison avec les banques de séquences connues... En plus de l'intérêt que représente la production d'un très grand nombre de SNP nouveaux, cette technologie devrait permettre de mieux séquencer les régions riches en (G+C) correspondant aux plus petits des microchromosomes pour lesquels il n'y a pas de séquence chez la poule. La comparaison des séquences des transcrits obtenues chez la caille et le canard avec la séquence du génome de la poule permettra d'établir une "cartographie virtuelle" des SNP obtenus, grâce à la grande conservation de synténie existant entre ces trois espèces. ABSTRACT The aim of the project is to fill the lack in markers observed for three avian species (quail, duck and poultry). The chosen strategy is to obtain, by using individuals from several lines of interest, SNP (Single Nucleotide Polymorphism) by a high-throughput sequencing technology (sequencer 454 GS-FLX, Roche). Two reduced representations of the genome are sequenced: size-selected digested genomic DNA and transcriptome, which globally represents the part of the genome corresponding to the expressed genes. These experiments are realized from samples of DNA or RNA from individuals of lines from existing crosses, for each species. The data generated by several sequencing runs will be in silico analyzed. Besides the interest of the production of a very large number of new SNP, this technology should allow to sequence GC rich regions corresponding to the smallest microchromosomes for which there is no sequence in chicken. The comparison of the transcriptome sequences in quail and duck with the chicken genome assembly will allow to establish a "virtual cartography" of the obtained SNP, thanks to the synteny conservation existing between these three avian species.
Databáze: OpenAIRE
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