Caractérisation en modules fonctionnels des protéines ADAMTS-TSL par approches de phylogénies
Autor: | Dennler, Olivier |
---|---|
Přispěvatelé: | Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Rennes 1, Nathalie Théret, Université de Rennes, François Coste |
Jazyk: | francouzština |
Rok vydání: | 2022 |
Předmět: |
[SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics
phylogénomique phylogenomics interaction protéine-protéine functional annotation [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] ADAMTS-TSL région conservée protein-protein interaction conserved region phylogenetic reconciliation multidomain proteins réconciliation phylogénétique annotation fonctionnelle protéines multidomaines |
Zdroj: | Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩ Génétique. Université de Rennes, 2022. Français. ⟨NNT : 2022REN1B079⟩ |
Popis: | The human ADAMTS-TSL multidomain proteins are involved in numerous pathologies. Encoded by 26 paralogous genes, their domain combination is not sufficient to characterize their functional differences. We propose in this thesis a new approach to identify functional regions of the sequences. For this purpose, we use sequences from 9 eukaryotic species to identify conserved sequence modules specific to certain subgroups of homologous sequences. The evolutionary analysis of the identified modules is obtained by performing a joint phylogenetic reconstruction of genes, species and modules. Furthermore, to validate the functional interest of the identified modules, we associate phenotypes (PPI) to this evolutionary history. This has led to the identification of concomitant acquisitions of "modules/phenotypes", predicting the functionality of these modules. Applying this approach to human ADAMTS-TSL proteins has allowed us to identify new, finer, non-contiguous functional regions that can describe their specificities.; Les protéines multidomaines ADAMTS-TSL humaines sont impliquées dans de nombreuses pathologies. Codées par 26 gènes paralogues, leur combinatoire en domaines ne suffit pas à caractériser leurs différences fonctionnelles. Nous proposons dans cette thèse une nouvelle approche d'identification des régions fonctionnelles des séquences. Pour cela nous utilisons des séquences de 9 espèces eucaryotes afin d'identifier des modules de séquences conservées propres à certains sous-groupes de séquences homologues. L'analyse évolutive des modules identifiés est obtenue en effectuant une reconstruction phylogénétique conjointe des gènes, des espèces et des modules. Par ailleurs, pour valider l'intérêt fonctionnel des modules identifiés, nous associons des phénotypes (PPI) à cette histoire évolutive. Ce qui a abouti à identifier des acquisitions concomitantes de « modules/phénotypes », prédisant la fonctionnalité de ces modules. Appliquer cette approche aux protéines ADAMTS-TSL humaines nous a permis d'identifier de nouvelles régions fonctionnelles, plus fines, non contiguës et à même d'en décrire les spécificités. |
Databáze: | OpenAIRE |
Externí odkaz: |
načítá se...