Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité et la richesse des communautés microbiennes de sols issus d'échantillonnage de grande ampleur

Autor: Terrat, Sébastien, Dequiedt, Samuel, Christen, Richard, Bachar, Dipankar, Lelievre, Mélanie, Regnier, Tiffanie, Nowak, Virginie, Plassart, Pierre, Wincker, Patrick, Lemanceau, Philippe, Maron, Pierre-Alain, Mougel, Christophe, Ranjard, Lionel
Přispěvatelé: Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de Biologie virtuelle UMR CNRS 6543, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut de Génomique d'Evry (IG), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ), Institut de Génomique, Genoscope, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Jazyk: francouzština
Rok vydání: 2012
Předmět:
Zdroj: Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE
Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE, Apr 2012, Aussois, France
Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE, Aussois, FRA, 2012-04-23-2012-04-27
Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale ETEGE, Apr 2012, Aussois, France. 2012
Popis: La diversité microbienne d’un sol (que l’on estime entre 105 et 106 espèces différentes par gramme de sol) est difficile à caractériser. Cependant, les techniques de séquençage haut-débit comme le pyroséquençage permettent maintenant d'étudier la diversité des communautés microbiennes du sol en se basant sur un marqueur phylogénétique (comme l'ADNr 16S ou 18S). De premières études ont déjà été réalisées avec cette technique afin d’aborder la diversité bactérienne des sols et cette dernière est maintenant unanimement reconnue pour sa pertinence et ses potentialités très importantes. Toutefois, l’écologie microbienne du sol commence à se tourner vers l'étude d'échantillonnages de grande envergure spatiale (Réseau de Mesure de la Qualité des Sols qui représente plus de 2200 sols à l'échelle du territoire français) afin de mieux hiérarchiser les processus et paramètres impliqués dans l'assemblage de ces communautés. Ce caractère massif, ainsi que les caractéristiques inhérentes aux séquences obtenues par la technique de pyroséquençage requièrent le développement d’outils bioinformatiques adaptés, optimisés et évalués, afin d’analyser rapidement et efficacement ce type de données. L’objectif final est de coupler, sur un grand nombre d’échantillons, cette approche avec des mesures d’activités et de faire le lien entre la diversité microbienne tellurique et l’aptitude des sols à rendre des services. Les premiers résultats (méthodologiques et biologiques) sur un nombre restreint de sols seront décrits et présentés.
Databáze: OpenAIRE
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