Shallow Shotgun Metagenomics as a cost-effective and accurate alternative to WGS for taxonomic profiling and clinical diagnosis
| Autor: | Goutorbe, Benoit, Abraham, Anne-Laure, Mariadassou, Mahendra, Plauzolles, Anne, Bidaut, Ghislain, Halfon, Philippe, Schbath, Sophie |
|---|---|
| Přispěvatelé: | Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Alphabio, ALPHABIO - Laboratoire de biologie médicale, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abraham, Anne-Laure, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), SCHBATH, Sophie |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2021 |
| Předmět: |
[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology Shallow shotgun metagenomics Sequencing depth Gut microbiota [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] Clinical research |
| Zdroj: | Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM) Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2021, Paris, France JOBIM JOBIM, Jul 2021, Paris, France |
| Popis: | International audience; Shallow shotgun metagenomics has been recently suggested as a promising strategy to study human microbiota, providing nearly identical taxonomic profiles than deep shotgun metagenomics with a sequencing cost similar to metabarcoding. With shallow sequencing approach (typically |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
|