Benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms

Autor: Allali, J., D'Aubenton-Carafa, Y., Chauve, C., Denise, A., Drevet, C., Ferraro, P., Gautheret, D., Herrbach, C., Leclerc F, F., De Monte, A., Ouangraoua, A., Sagot, M.-F., Saule, C., Termier, M., Thermes C, C., Touzet, H.
Přispěvatelé: Centre de génétique moléculaire (CGM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier de Montreal, Hôtel-Dieu-Université de Montréal (UdeM)-Centre Hospitalier de l'Université de Montréal (CHUM), Université de Montréal (UdeM), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), SFU Discrete Mathematics Group (SFU-DMG), Simon Fraser University (SFU.ca), Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pacific Institute for the Mathematical Sciences (PIMS), University of Calgary, Technologies avancées pour le génôme et la clinique (TAGC), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Maturation des ARN et enzymologie moléculaire (MAEM), Cancéropôle du Grand Est-Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-IFR111-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Computer science and genomics (HELIX), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sequential Learning (SEQUOIA), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), ANR-06-BLAN-0045,BRASERO,Biologically Relevant Algorithms and Softwares for Efficient RNA Structure Comparison(2006), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Calgary-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2008
Předmět:
Zdroj: Proc. JOBIM
Proc. JOBIM, 2008, pp.67-68
Actes des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques
JOBIM'08
JOBIM'08, 2008, Lille, France. pp.67-68
Popis: International audience; In the last ten years, several tools have been proposed for RNA secondary structure pairwise comparison. These tools use different models (ordered tree or forest, arc annotated sequence, multi-level tree) and methods (edit distance, alignment). We present a first benchmark for comparing these tools. For various RNA families, we built two sets of secondary structures. The first, called the reference set, is composed of a small number of RNAs with their known structures. The second is composed of sequences folded using Mfold and RNAshapes. Some of these sequences correspond to structural RNAs of the same families (true events), other correspond to noise. We studied the ability of each tool to find the true events using the reference set. In particular we analysed the results in terms of sensibility/specificity, distribution and spread of the scores, and computation time.
Databáze: OpenAIRE
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