Experimental determination of organelle targeting peptide cleavage sites using transient expression of GFP translational fusions

Autor: Candat, Adrien, Poupart, Pauline, Andrieu, Jean-Pierre, Chevrollier, Arnaud, Reynier, Pascal, Rogniaux-Bonaventure, Helene, Avelange-Macherel, Marie-Hélène, Macherel, David
Přispěvatelé: Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Neurovasculaire et Mitochondriale Intégrée (BNMI), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Region-Pays-de-la-Loire/INRA, Angers Loire Metropole, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université d'Angers (UA), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2013
Předmět:
Zdroj: Analytical Biochemistry
Analytical Biochemistry, Elsevier Masson, 2013, 434 (1), pp.44-51. ⟨10.1016/j.ab.2012.10.040⟩
Analytical Biochemistry, 2013, 434 (1), pp.44-51. ⟨10.1016/j.ab.2012.10.040⟩
ISSN: 0003-2697
1096-0309
DOI: 10.1016/j.ab.2012.10.040⟩
Popis: The majority of nuclear-encoded organellar proteins contain a cleavable presequence which is necessary for protein targeting and import into the correct cellular compartment. Knowledge about targeting-peptide cleavage sites is essential for the structural and functional characterization of the mature organellar proteins as well as for a deeper understanding of the import process. Because of the low consensus and high variability of presequences, bioinformatics of targeting-peptide cleavage fails to predict the length of the targeting peptide with high confidence. Therefore, we have developed a rapid and robust method to experimentally determine the cleavage site of the transit peptide for proteins imported into mitochondria or plastids. The protein precursor with GFP fused to its C-terminus is transiently expressed in cells (for animal proteins) or protoplasts (for plant proteins), allowing translocation into organelles, and removal of the transit peptide. After lysis, the matured protein is immunopurified using an anti-GFP antibody coupled to magnetic beads. The N-terminal amino sequence is then determined by Edman microsequencing or mass spectrometry. The method has been validated using proteins with known targeting peptide sequences and is suitable for animal and plant organelle-targeted proteins.
Databáze: OpenAIRE
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