IFB-Biosphère : Services cloud pour l'analyse des données des sciences de la vie
Autor: | Blanchet, Christophe, Collin, Olivier, Boudet, Matéo, Delmotte, Stéphane, Gilquin, Hervé, Guillaume, Jean-François, Lemaillet, Efflam, Lorenzo, Jonathan, Pansanel, Jérôme, Sallou, Olivier, Spataro, Bruno |
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Přispěvatelé: | Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Mathématiques Pures et Appliquées (UMPA-ENSL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291 (ITX), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes (LS2N), IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, ANR-11-INBS-0013,IFB (ex Renabi-IFB),Institut français de bioinformatique(2011), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche de l'institut du thorax (ITX-lab), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Spataro, Bruno, Infrastructures - Institut français de bioinformatique - - IFB (ex Renabi-IFB)2011 - ANR-11-INBS-0013 - INBS - VALID |
Jazyk: | francouzština |
Rok vydání: | 2019 |
Předmět: |
[INFO.INFO-AR]Computer Science [cs]/Hardware Architecture [cs.AR]
[INFO.INFO-AR] Computer Science [cs]/Hardware Architecture [cs.AR] [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] Bioinformatique Calcul scientifique [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed Parallel and Cluster Computing [cs.DC] Cloud computing [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed Parallel and Cluster Computing [cs.DC] Traitement des données scientifiques [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] Sciences de la vie |
Zdroj: | Journées RESeaux-JRES 2019 Journées RESeaux-JRES 2019, Dec 2019, Dijon, France |
Popis: | International audience; L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) propose différents services pour le traitement des données des sciences de la vie, en partie basés sur une fédération de clouds académiques. Le portail Biosphère (https://biosphere.france-bioinformatique.fr) fournit plusieurs interfaces pour simplifier l’usage du cloud de l’IFB : le catalogue RAINBio des environnements modèles (appliances), un tableau de bord pour gérer les déploiements et un registre des données publiques disponibles.La fédération IFB-Biosphère, initiée fin 2016, comporte 5 400 cœurs et 27 téraoctets de mémoire, répartis entre 6 sites basés sur Openstack, fédérés avec le système Nuvla. En plus des composants de base, d'autres plus spécifiques comme Manila pour la fourniture de volumes partagés en mode fichier, sont requis pour la majorité des applications bioinformatiques. La gestion des utilisateurs repose sur les identifiants institutionnels de la fédération d’identités eduGAIN, avec un proxy "keycloack" et des clients OpenID Connect.Les appliances bioinformatiques proposent de nombreux outils courants pour l’analyse de données biologiques, 33 sont actuellement publiées dans le catalogue RAINBio. Ces environnements fournissent des outils comme "conda", "docker" ou "ansible"; des interfaces scientifiques de haut-niveau (portails web Rstudio ou Jupyter Notebook), ou un bureau graphique à distance. Certains environnements comprennent plusieurs composants reposant sur autant de machines virtuelles ou conteneurs. Le quota de base, extensible, permet de déployer des VMs, avec jusqu’à 128 cœurs et 3 To de RAM.Le cloud IFB-Biosphère est utilisé pour des analyses scientifiques pouvant être intensives (4 000 cœurs), et par de nombreuses sessions de formation, écoles scientifiques, cursus de masters universitaires, workshops ou hackathons. |
Databáze: | OpenAIRE |
Externí odkaz: |