Reconstruction vasculaire 3D et analyse de lames virtuelles H&E dans l'étude du mélanome

Autor: Janan Arslan, Haocheng Luo, Pawan Kumar, Matthieu Lacroix, Pierrick Dupré, Arran Hodgkinson, Christine Pignodel, Laurent Le Cam, Ovidiu Radulescu, Daniel Racoceanu
Přispěvatelé: Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain (ARAMIS), Sorbonne Université (SU)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Pathogen and Host Immunity [Montpellier] (LPHI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), University of Exeter
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2023
Předmět:
Zdroj: IABM2023 : Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédicale
IABM2023 : Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédicale, Mar 2023, Paris, France
HAL
Popis: International audience; Le mélanome cutané est responsable d'environ 57,000 décès dans le monde. A un stade avancé, le mélanome est traité par la chirurgie et la chimiothérapie. Cependant, même avec des thérapies robustes, le pronostic du mélanome reste souvent mauvais. La complexité du mélanome provient de sa capacité à se reconnecter et à adapter son état métabolique pour garantir sa survie, même lorsque les ressources en nutriments et en oxygène sont épuisées dans le microenvironnement tumoral.Notre hypothèse principale est que la résistance aux chimiothérapies découle d'une série de transitions non génétiques et de changements d'états métaboliques. Pour saisir les changements d'états métaboliques, des images de lames entières (WSI) de tumeurs de mélanome marquées à l'hématoxyline et à l'éosine (H&E) ont été générées en utilisant des modèles de souris PDX (Patient Derived Xenograft). Les échantillons PDX ont subi des coupes en série à 12µm. Deux types d'ensembles de données H&E ont ainsi été étudiées : un sans et un avec traitement.Dans cette étude, nous analysons de deux aspects. Nous présentons notre protocole et la suite algorithmique de reconstruction 3D qui comprend la segmentation 2D (Tableau 1), le recalage d'images de lames virtuelles ainsi que la reconstruction 3D par interpolation linéaire (Figure 1). Ensuite, nous illustrons l'utilisation de la reconstruction 3D pour comprendre les réseaux vasculaires via l'extraction de caractéristiques 3D, telles que la forme et la taille. Nous discutons ensuite de la manière dont ce travail est utilisé pour créer un modèle mathématique de prédiction de l'efficacité du traitement.
Databáze: OpenAIRE
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