Towards reproducible research: Evolve your practices

Autor: Loic Desquilbet, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, Rougier, Nicolas P., Elisa de Castro Guerra, Martine Courbin-Coulaud, Ludovic Duvaux, Pierre Gravier, Grégoire Le Campion, Solenne Roux, Frédéric Santos
Přispěvatelé: École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Université de Bordeaux (UB), Statistics In System biology and Translational Medicine (SISTM), Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Performance analysis and optimization of LARge Infrastructures and Systems (POLARIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de Chimie Physique D'Orsay (LCPO), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mnemonic Synergy (Mnemosyne), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut des Maladies Neurodégénératives [Bordeaux] (IMN), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), FLOSS Manuals (FM), Information et Édition Scientifiques (IES), Inria Siège, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Passages, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bordeaux Montaigne-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire de psychologie:Santé et qualité de vie, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie (PACEA), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité régionale de formation à l'information scientifique et technique de Bordeaux, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)- Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Performance analysis and optimization of LARge Infrastructures and Systems (POLARIS ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Université Bordeaux Montaigne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Institut de Chimie Physique (ICP), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Direction de la Culture et de l’Information Scientifiques (DCIS), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Inria Siège, Université de Bordeaux (UB)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Université Bordeaux Montaigne (UBM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Jazyk: francouzština
Rok vydání: 2019
Předmět:
Zdroj: Unité régionale de formation à l'information scientifique et technique de Bordeaux. Unité régionale de formation à l'information scientifique et technique de Bordeaux, pp.1-161, 2019, 979-10-97595-05-0
HAL
Popis: International audience; For a researcher, there is nothing more frustrating than the failure to reproduce major results obtained a few months back. The causes of such disappointments can be multiple and insidious. This phenomenon plays an important role in the so-called “research reproducibility crisis”.This book takes a current perspective onto a number of potentially dangerous situations and practices, to examplify and highlight the symptoms of non-reproducibility in research. Each time, it provides efficient solutions ranging from good-practices that are easily and immediately implementable to more technical tools, all of which are free and have been put to the test by the authors themselves.With this book written during a book sprint, students and engineers and researchers should find efficient and accessible ways leading them to improve their reproducible research practices.; Pour un chercheur, il n’y a rien de plus frustrant que l’impossibilité de reproduire des résultats majeurs obtenus quelques mois auparavant. Les causes de ce type de déconvenues sont multiples et parfois pernicieuses. Ce phénomène participe à ce que certains identifient comme une “crise de la reproductibilité de la recherche”.Cet ouvrage considère un ensemble de situations et de pratiques potentiellement dangereuses afin d’illustrer et de mettre en évidence les symptômes de la non-reproductibilité dans la recherche. À chaque fois, il propose un éventail de solutions allant de bonnes pratiques faciles et rapides à implémenter jusqu’à des outils plus techniques, tous gratuits et mis à l’épreuve par les auteurs eux-mêmes.Dans ce livre rédigé lors d’un book sprint, étudiants, ingénieurs et chercheurs devraient trouver des moyens efficaces et à leur portée pour améliorer leurs pratiques de la recherche reproductible.
Databáze: OpenAIRE
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