| Popis: |
Bu çalışma; Türkiye’deki tescilli veya üretim izni almış çeltik çeşitlerinin moleküler karakterizasyonunu yapmak ve pazara sunulan pirinçlerde çeşit karışıklığını ayırt edecek moleküler markırları belirlemek amacıyla yapılmıştır. Türkiye’de tescilli veya üretim izinli çeşitler ile bazı yerel çeşitler ile yurt dışında tescil edilmiş 60 çeltik çeşidi bu çalışmada materyal olarak kullanılmıştır. Genotiplendirme, Gramene veritabanında çeltikte çeşitliliğin belirlenmesi için önerilen 50 SSR markır ile gerçekleştirilmiştir. Kullanılan 50 SSR markırdan, 44’ünden sağlıklı sonuçlar elde edilmiş ve 44 SSR markırı içinde bir markır hariç geri kalan 43 SSR markırı polimorfik bulunmuştur. Bu 43 SSR markırından da 231 allel elde edilmiştir. Maksimum PIC değeri RM287 SSR markırı (0.832) ile minimum PIC değeri ise RM495 (0.000), RM514 (0.103) RM489 (0.105) SSR markırları kullanılarak elde edilmiştir. Allellerin frekansları ve bireylerin genetik benzerlik ve uzaklıkları GenAlex6.5 programı ile hesaplanmış ve elde edilen veriler doğrultusunda UPGMA yöntemi yardımı ile dendogram oluşturulmuştur. Yapılan analizler sonucunda bir çok çeşit için spesifik SSR alleller belirlenmiştir. Bu çalışma ile; ülkemiz pazarında yaygın olarak yer alan başta Osmancık-97, Baldo, Ronaldo ve Cammeo çeşitlerinin birbirinden ayrımının sağlanabildiği 12 SSR markırı belirlenmiş olup, embriyosuz ve parlatılmış tek pirinç tanesi kullanılarak rutin biçimde çeşit ayırımında kullanılabilir moleküler yöntemi optimize edilmiştir. Araştırmada kullanılan diğer çeşitlerinde 43 SSR markırı ile genotiplemesi yapılmıştır. This study was carried out to make molecular characterization of registered rice cultivars in Turkey and to determine molecular marker to distinguish rice genotypes in rice market. Registered, production permitted and some local cultivars of Turkey and some other countries varieties, total 60 rice cultivars were used as a material of this study. Molecular genotyping was carried out by 50 SSR markers that are advised for rice genotyping by Gramene data base. From 50 SSRs, 44 SSRs were used effectively in the study and 43 of them were found polymorphic. 231 alleles were obtained with using 43 SSRs. Maximum PIC value (0.8329 was obtained from RM287 SSR marker while, minimum PIC values were obtained from RM495 (0,000), RM514 (0,103) and RM 489 with 0,00, 0,103 and 0,105respectively. Their allelic frequency and genetic distance/identity matrix were calculated by GenAlex 6.5 programme and the matrix were used to create dendogram by UPGMA method. In this study, many cultivar specific alleles were detected. 12 SSR markers were determined to distinguish most widely marketed rice cultivars such as, Osmancık-97, Baldo, Ronaldo and Cammeo and molecular method for distinguishing rice cultivars from using one polished rice kernel was optimized. All 60 rice cultivars used in this study were genotyped with 43 SSRs markers. |
