A protocol to analyse cellular dynamics during plant development

Autor: Barbier de Reuille, Pierre, Bohn-Courseau, Isabelle, Godin, Christophe, Trass, Jan
Přispěvatelé: Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype (VIRTUAL PLANTS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2005
Předmět:
Zdroj: Plant Journal
Plant Journal, Wiley, 2005, 44 (6) (6), pp.1045-1053. ⟨10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x⟩
Plant Journal, 2005, 44 (6) (6), pp.1045-1053. ⟨10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x⟩
Plant Journal, Wiley, 2005, 44 (6), pp.1045-1053. ⟨10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x⟩
ISSN: 0960-7412
1365-313X
DOI: 10.1111/j.1365-313X.2005.02576.x⟩
Popis: In vivo microscopy generates images that contain complex information on the dynamic behaviour of three-dimensional (3D) objects. As a result, adapted mathematical and computational tools are required to help in their interpretation. Ideally, a complete software chain to study the dynamics of a complex 3D object should include: (i) the acquisition, (ii) the preprocessing and (iii) segmentation of the images, followed by (iv) a reconstruction in time and space and (v) the final quantitative analysis. Here, we have developed such a protocol to study cell dynamics at the shoot apical meristem in Arabidopsis. The protocol uses serial optical sections made with the confocal microscope. It includes specially designed algorithms to automate the identification of cell lineage and to analyse the quantitative behaviour of the meristem surface.
Databáze: OpenAIRE
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