Bioinformatička analiza difuznih glioma mozga upotrebom cBioPortal baze za tumorsku genomiku

Autor: Brlek, Petar, Aničić, Sara, Brglez, Emilija, Bukovac, Anja, Kafka, Anja, Pećina-Šlaus, Nives
Přispěvatelé: Škarica, Antonia
Jazyk: chorvatština
Rok vydání: 2020
Předmět:
Popis: Tehnologija 21. stoljeća omogućila je razvoj tzv. large scale podatkovnih analiza za interaktivno istraživanje, višedimenzionalnu obradu i statističku te programsku analizu velike količine podataka. Javno dostupna baza cBioPortal sintetizirala je preko 400 TB podataka o tumorskim promjenama od genske do proteinske razine [1]. U ovom istraživanju korištenjem cBioPortal softvera [2] stvorena je virtualna studija kombinacijom podataka dvije velike prethodne studije: Brain Lower Grade Glioma (TCGA Firehose Legacy) i Glioblastoma Multiforme (TCGA Firehose Legacy). Ukupni uzorak od 751 difuznog glioma mozga otkrio je razlike u aktivnosti proteinske kinaze B β (AKT2) kao središnjeg regulatora signalnog puta PI3K-AKT-mTOR unutar različitih gradusa i patohistoloških tipova glioma. Analiza CNA (promjena u broju kopija) gena AKT2 pokazala je da su amplifikacije najčešće promjene. Amplifikacije su nađene u 182 (33%) uzorka glioblastoma (gradus IV). Mann-Whitney test je pokazao da su amplifikacijske promjene značajno više u glioblastomima u odnosu na niže graduse difuznih glioma (p
Databáze: OpenAIRE