RAPD-based genetic linkage maps of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa Deg.).

Autor: Carneiro, Monalisa Sampaio, Camargo, Luis Eduardo Aranha, Coelho, Alexandre Siqueira Guedes, Vencovsky, Roland, Júnior, Rui Pereira Leite, Stenzel, Neusa Maria Colauto, Vieira, Maria Lucia Carneiro
Předmět:
Zdroj: Genome; Aug2002, Vol. 45 Issue 4, p670-678, 9p
Abstrakt: A single cross between two clones of passion fruit (Passifloraedulis Sims. f. flavicarpa Deg., 2n = 18) was selected for genetic mapping. The mapping population was composed of 90 F[sub 1] plants derived from a cross between 'IAPAR 123' (female parent) and 'IAPAR 06' (male parent). A total of 380 RAPD primers were analyzed according to two-way pseudo-testcross mapping design. The linkage analysis was performed using Mapmaker version 3.0 with LOD 4.0 and a maximum recombination fraction (θ) of 0.30. Map distances were estimated using the Kosambi mapping function. Linkage maps were constructed with 269 loci (2.38 markers/primer), of which 255 segregated 1:1, corresponding to a heterozygous state in one parent and null in the other. The linkage map for 'IAPAR123' consisted of 135 markers. A total of nine linkage groups were assembled covering 727.7 cM, with an average distance of 11.20 cM between framework loci. The sizes of the linkage groups ranged from 56 to 144.6 cM. The linkage map for 'IAPAR 06' consisted of 96 markers, covering 783.5 cM. The average distance between framework loci was 12.2 cM. The length of the nine linkage groups ranged from 20.6 to 144.2 cM. On average, both maps provided 61% genome coverage. Twenty-four loci (8.9%) remained unlinked. Among their many applications, these maps are a starting point for the identification of quantitative trait loci for resistance to the main bacterial disease affecting passion fruit orchards in Brazil, caused by Xanthomonas campestris pv. passiflorae, because parental genotypes exhibit diverse responses to bacterial inoculation.Key words: Passiflora, genetic mapping, molecular markers, pseudo-testcross mapping strategy.Un croisement simple entre deux clones de fruits de la passion (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa Deg., 2n = 18) a été choisi pour réaliser de la cartographie génétique. La population était composée de 90 plantes F[sub 1] issues du croisement entre 'IAPAR 123' (parent femelle) et 'IAPAR 06' (parent mâle). En tout, 380 amorces RAPD ont été analysées selon un dispositif de pseudo-testcross. L'analyse de liaison génétique a été réalisée à l'aide du logiciel Mapmaker 3.0 en utilisant un score LOD de 4,0 et une valeur maximale de θ = 0,30. Les distances génétiques ont été calculées à l'aide de la fonction de Kosambi. Les cartes génétiques ont été assemblées avec 269 locus (2,38 marqueurs/amorce) dont 255 montraient une ségrégation 1 : 1, soit celle attendue pour un locus hétérozygote chez un parent et homozygote nul chez l'autre. La carte génétique de 'IAPAR 123' comprend 135 marqueurs. Elle compte neuf groupes de liaison totalisant 727,7 cM et la distance moyenne entre les marqueurs d'ancrage est de 11,2 cM. La taille des groupes de liaison variait de 56 à 144,6 cM. La carte génétique du clone 'IAPAR 06' compte 96 marqueurs couvrant 783,5 cM. La distance moyenne entre marqueurs d'ancrage y est de 12,2 cM. En moyenne, les deux cartes offrent une couverture génomique de 61 %. Vingt-quatre marqueurs n'ont pu être assignés à aucun des groupes de liaison. Parmi diverses applications possibles, ces cartes constituent un point de départ utile en vue de l'identification de locus quantitatifs (QTL) contribuant à la résistance à la principale maladie bactérienne qui touche les vergers de fruits de la passion au Brésil, maladie causée par le Xanthomonas campestris pv. passiflorae. Cette population de cartographie pourrait y contribuer car les génotypes parentaux diffèrent quant à leur réponse à l'infection.Mots clés : Passiflora, cartographie génétique, marqueurs moléculaires, cartographie en pseudo-testcross.[Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]
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