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In common bean (Phaseolus vulgaris L.), the expression of color in flower and seedcoat tissues requires the dominant allele of the P gene. The fully recessive p allele completely suppresses color expression in these tissues, whereas in specific genetic backgrounds, the p[sup gri] allele potentiates a grayish-white seedcoat and pale violet (nearly white) flowers with two violet dots on the banner petals. As a first step to gaining a better understanding of this important gene, we phenotypically scored an F[sub 2] population segregating for P and p[sup gri] and subsequently screened contrasting bulk DNA samples with oligonucleotide primers to uncover random amplified polymorphic DNA (RAPD) fragments. OU3[sub 2300] , an RAPD marker linked in coupling phase to the dominant allele, mapped 1.3 cM from P. The core 'BAT93' × 'Jalo EEP558' recombinant inbred population was scored, and the marker mapped to linkage group B7. The segregating fragment was cloned, sequenced, and shown to possess significant homology to the Ty3–gypsy class of retrotransposons. We have named the element Tpv3g. It is estimated that about 100 copies of the element are present in the common bean genome. Phylogenetic analysis placed Tpv3g in the class A group of plant retrotransposons.Key words: common bean, molecular markers, Phaseolus vulgaris L., seedcoat color, Ty3–gypsy retrotransposon.Chez le haricot (Phaseolus vulgaris L.), l'allèle dominant du gène P est requis pour qu'il y ait expression de la couleur dans les tissus floraux et tégumentaires. L'allèle p pleinement récessif supprime totalement toute coloration au sein de ces tissus, tandis que l'allèle p[sup gri] résulte, dans certains génotypes spécifiques, en un tégument gris blanc et des fleurs mauve pâle (presque blanches) avec deux taches mauves sur les pétales étendards. Afin de mieux connaître ce gène important, une population F[sub 2] en ségrégation pour les allèles P et p[sup gri] a été phénotypée. Ensuite, des mélanges constitués de l'ADN de plusieurs individus de même phénotype ont été préparés pour les deux phénotypes opposés et ces mélanges ont fait l'objet d'amplifications avec des amorces oligonucléotidiques afin d'identifier des ADN polymorphes amplifiés au hasard (RAPD). OU[sub 2300] , un marqueur RAPD lié en couplage avec l'allèle dominant, a été situé à 1,3 cM du locus P. Ce marqueur a été assigné au groupe de liaison B7 en génotypant un sous-ensemble de la population de lignées recombinantes fixées 'BAT93' × 'Jalo EEP558'. Le fragment polymorphe a été cloné et séquencé. Cette région du génome montre une homologie significative avec des rétrotransposons de la classe Ty3–gypsy. En conséquence, cet élément a été nommé Tpv3g. Le nombre de copies de cet élément au sein du génome du haricot a été estimé à une centaine et une analyse phylogénétique place Tpv3g au sein de la classe A de rétrotransposons d'origine végétale.Mots clés : haricot, marqueurs moléculaires, Phaseolus vulgaris L., couleur du tégument, rétrotransposon Ty3–gypsy.[Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
