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Based on published information, we have identified 991 genes and gene-family clusters for cattle and 764 for pigs that have orthologues in the human genome. The relative linear locations of these genes on human sequence maps were used as "rulers" to annotate bovine and porcine genomes based on a CSAM (contiguous sets of autosomal markers) approach. A CSAM is an uninterrupted set of markers in one genome (primary genome; the human genome in this study) that is syntenic in the other genome (secondary genome; the bovine and porcine genomes in this study). The analysis revealed 81 conserved syntenies and 161 CSAMs between human and bovine autosomes and 50 conserved syntenies and 95 CSAMs between human and porcine autosomes. Using the human sequence map as a reference, these 991 and 764 markers could correlate 72 and 74% of the human genome with the bovine and porcine genomes, respectively. Based on the number of contiguous markers in each CSAM, we classified these CSAMs into five size groups as follows: singletons (one marker only), small (2–4 markers), medium (5–10 markers), large (11–20 markers), and very large (>20 markers). Several bovine and porcine chromosomes appear to be represented as di-CSAM repeats in a tandem or dispersed way on human chromosomes. The number of potential CSAMs for which no markers are currently available were estimated to be 63 between human and bovine genomes and 18 between human and porcine genomes. These results provide basic guidelines for further gene and QTL mapping of the bovine and porcine genomes, as well as insight into the evolution of mammalian genomes.Key words: Human, cattle, pig, orthologous genes, CSAM, comparative mapping.À partir d'information déjà publiées, les auteurs ont identifié 991 gènes ou familles de gènes bovins et 764 gènes ou familles de gènes porcins ayant des homologues au sein du génome humain. Les positions linéaires relatives de ces gènes sur les cartes de séquences humaines ont été employées pour annoter les génomes bovin et porcin à l'aide d'une approche CSAM (« contiguous set of autosomal markers »). Un CSAM représente une série de marqueurs ininterrompue chez un génome (génome primaire ; le génome humain dans le cas présent) et qui est organisée de façon identique (syntène) chez un autre génome (génome secondaire ; les génomes bovin ou porcin dans ce travail). Cette analyse a révélé 81 régions de synténie et 161 CSAM entre les autosomes humain et bovin. Pareillement, 50 régions de synténie et 95 CSAM ont été observés entre les autosomes humain et porcin. En utilisant la séquence du génome humain comme point de référence, ces 991 ou 764 marqueurs ont permis de corréler 72 % ou 74 % du génome humain avec les génomes bovin ou porcin, respectivement. En fonction du nombre de marqueurs contigus au sein de chaque CSAM, cinq classes de CSAM ont été définies : à marqueur unique (un seul marqueur), petit (2 à 4 marqueurs), moyen (5 à 10 marqueurs), grand (11 à 20 marqueurs) et très grand (>20 marqueurs). Le nombre de CSAM appartenant à chacune de ces classes diminue tandis que leur taille physique moyenne augmente tant lors des comparaisons entre génomes humain et bovin que lors des comparaisons entre génomes humain et porcin. Plusieurs chromosomes bovins ou porcins semblent avoir été dupliqués sous forme de CSAM répétés en tandem ou dispersés chez les chromosomes humains. Le nombre de CSAM potentiels pour lesquels aucun marqueur n'est présentement disponible a été estimé à 63 pour les génomes humain et bovin et à 18 pour les génomes humain et porcin. Ces résultats fournissent des points de repère pour de futurs travaux de cartographie de gènes ou de QTL chez les génomes bovin ou porcin de même qu'un aperçu de l'évolution des génomes au sein des mammifères.Mots clés : humain, bœuf, porc, gènes orthologues, CSAM, cartographie comparée.[Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
