Selection of references for quantitative real-time PCR analysis of microRNAs in Nile tilapia (Oreochromis niloticus) under osmotic stress.

Autor: Martins AWS; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil., Nunes LS; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil., Blödorn EB; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil., Dellagostin EN; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil., Silveira TLR; Instituto de Biologia, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil., Collares GL; Agência de Desenvolvimento da Bacia da Lagoa Mirim, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil., Domingues WB; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil., Pinhal D; Laboratório Genômica e Evolução Molecular, Instituto de Biociências de Botucatu, Departamento de Genética - Universidade Estadual Paulista, Botucatu, SP, Brazil., Remião MH; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil., Campos VF; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, RS, Brazil. Electronic address: campos.vinicius@ufpel.edu.br.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology [Comp Biochem Physiol B Biochem Mol Biol] 2024 Oct-Dec; Vol. 274, pp. 111010. Date of Electronic Publication: 2024 Jul 31.
DOI: 10.1016/j.cbpb.2024.111010
Abstrakt: MicroRNAs play crucial regulatory roles in various aspects of development and physiology, including environmental adaptation and stress responses in teleosts. RT-qPCR is the most commonly used method for studying microRNA expression, with the accuracy and reliability of results depending on the use of an appropriate reference gene for normalization. This study aimed to evaluate seven miRNAs (U6, Let-7a, miR-23a, miR-25-3, miR-103, miR-99-5, and miR-455) expression stability in different tissues of Nile tilapia subjected to osmotic stress. Fish were divided into two groups: a control and an experimental group, raised in 0 and 12 ppt salinity water respectively. After 21 days, brain, gills, liver, and posterior intestine were collected for analysis. Different mathematical algorithms (geNorm, NormFinder, BestKeeper, and the comparative ΔCt method) were employed to identify the most suitable reference miRNAs. The results indicate that the miR-455/miR-23a combination is a robust reference for normalizing miRNA expression levels in studies of osmotic stress responses in Nile tilapia. The stability of miRNA expression can vary depending on specific stress conditions and biological processes, underscoring the necessity of selecting appropriate normalizing miRNAs for each experimental context. This study identifies reliable reference genes for future RT-qPCR analyses of miRNA expression, thereby enhancing our understanding of molecular responses in fish to environmental challenges. These insights are fundamental to the development of new technologies for the improved management and sustainability of aquaculture practices.
Competing Interests: Declaration of competing interest The authors declare that they have no known competing financial interests or personal relationships that could have appeared to influence the work reported in this paper.
(Copyright © 2024 Elsevier Inc. All rights reserved.)
Databáze: MEDLINE
Externí odkaz: