Identification of new targets for glioblastoma therapy based on a DNA expression microarray.

Autor:	Larriba E; Human and Mammalian Genetics Group, Departamento de Fisiología, Genética y Microbiología, Facultad de Ciencias, Universidad de Alicante, Alicante, Spain., de Juan Romero C; Unidad de Investigación, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO), Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain; Instituto de Investigación, Desarrollo e Innovación en Biotecnología Sanitaria de Elche (IDiBE), Universidad Miguel Hernández, Avda, Universidad s/n, Ed. Torregaitán, Elche, Spain. Electronic address: m.juan@umh.es., García-Martínez A; Unidad de Investigación, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO), Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain; Unidad de Genética Molecular, Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain., Quintanar T; Servicio de Oncología Médica. Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain., Rodríguez-Lescure Á; Unidad de Investigación, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO), Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain; Servicio de Oncología Médica. Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain; School of Medicine. Universidad Miguel Hernández de Elche. Investigator, Spanish Breast Cancer Research Group (GEICAM), Spain., Soto JL; Unidad de Investigación, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO), Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain; Unidad de Genética Molecular, Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain., Saceda M; Unidad de Investigación, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO), Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain; Instituto de Investigación, Desarrollo e Innovación en Biotecnología Sanitaria de Elche (IDiBE), Universidad Miguel Hernández, Avda, Universidad s/n, Ed. Torregaitán, Elche, Spain., Martín-Nieto J; Human and Mammalian Genetics Group, Departamento de Fisiología, Genética y Microbiología, Facultad de Ciencias, Universidad de Alicante, Alicante, Spain. Electronic address: jmnieto@ua.es., Barberá VM; Human and Mammalian Genetics Group, Departamento de Fisiología, Genética y Microbiología, Facultad de Ciencias, Universidad de Alicante, Alicante, Spain; Unidad de Investigación, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO), Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain; Unidad de Genética Molecular, Hospital General Universitario de Elche, Camí de l'Almazara 11, Elche, 03203, Alicante, Spain. Electronic address: barbera_vicjua@gva.es.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Computers in biology and medicine [Comput Biol Med] 2024 Sep; Vol. 179, pp. 108833. Date of Electronic Publication: 2024 Jul 08.
DOI:	10.1016/j.compbiomed.2024.108833
Abstrakt:	This study provides a comprehensive perspective on the deregulated pathways and impaired biological functions prevalent in human glioblastoma (GBM). In order to characterize differences in gene expression between individuals diagnosed with GBM and healthy brain tissue, we have designed and manufactured a specific, custom DNA microarray. The results obtained from differential gene expression analysis were validated by RT-qPCR. The datasets obtained from the analysis of common differential expressed genes in our cohort of patients were used to generate protein-protein interaction networks of functionally enriched genes and their biological functions. This network analysis, let us to identify 16 genes that exhibited either up-regulation (CDK4, MYC, FOXM1, FN1, E2F7, HDAC1, TNC, LAMC1, EIF4EBP1 and ITGB3) or down-regulation (PRKACB, MEF2C, CAMK2B, MAPK3, MAP2K1 and PENK) in all GBM patients. Further investigation of these genes and enriched pathways uncovered in this investigation promises to serve as a foundational step in advancing our comprehension of the molecular mechanisms underpinning GBM pathogenesis. Consequently, the present work emphasizes the critical role that the unveiled molecular pathways likely play in shaping innovative therapeutic approaches for GBM management. We finally proposed in this study a list of compounds that target hub of GBM-related genes, some of which are already in clinical use, underscoring the potential of those genes as targets for GBM treatment. Competing Interests: Declaration of competing interest The authors declare the following financial interests/personal relationships which may be considered as potential competing interests:Victor M. Barberá reports financial support was provided by Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO), Spain. Camino de Juan Romero and Miguel Saceda reports financial support was provided by Carlos III Health Institute, Spain and the Consellería de Innovación, Universidades, Ciencia y Sociedad Digital (Generalitat Valenciana), Spain. (Copyright © 2024 The Authors. Published by Elsevier Ltd.. All rights reserved.)
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