Towards a species-level phylogeny for Neotropical Myrtaceae: Notes on topology and resources for future studies.

Autor: Staggemeier VG; Departamento de Ecologia, Centro de Biociências, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 59092-970, RN, Brazil., Amorim B; Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Recursos Naturais da Amazônia, Universidade do Estado do Amazonas, Manaus, AM, Brazil., Bünger M; Programa de Pós-Graduação em Sistemática, Uso e Conservação da Biodiversidade, Department de Biologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 60355-636, CE, Brazil., Costa IR; Programa de Pós-Graduação em Sistemática, Uso e Conservação da Biodiversidade, Department de Biologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 60355-636, CE, Brazil., de Faria JEQ; Instituto Interamericano de Cooperação para a Agricultura - IICA - SHIS QI 5, Chácara 16, Lago Sul, Brasília, 71600-530, DF, Brazil., Flickinger J; Lady Bird Johnson Wildflower Center, The University of Texas at Austin, 4801 La Crosse Ave., Austin, 78739, TX, USA., Giaretta A; Universidade Federal da Grande Dourados, Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Unidade II, Dourados, 79804-970, MS, Brazil., Kubo MT; Departamento de Botânica, Laboratório de Sistemática Vegetal, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, 05508-900, São Paulo, Brazil., Lima DF; Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Centro de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis, 88040-900, SC, Brazil., Dos Santos LL; Instituto Federal de Roraima, campus Amajari, Amajari/Roraima, 69343-000, Brazil., Lourenço AR; Independent researcher., Lucas E; Herbarium, Royal Botanic Gardens, Kew, Richmond, Surrey, TW9 3AB, UK., Mazine FF; Universidade Federal de São Carlos, Campus Sorocaba, Rodovia João Leme dos Santos (SP-264), km 110, Sorocaba, 18052-780, SP, Brazil., Murillo-A J; Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia, Carrera 30 No. 45-03, Bogotá, Colombia., de Oliveira MIU; Departamento de Biologia, Universidade Federal de Sergipe, Av. Marcelo Déda Chagas, s/n, Bairro Jardim Rosa Elze, São Cristóvão, 49107-230, SE, Brazil., Parra-O C; Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia, Carrera 30 No. 45-03, Bogotá, Colombia., Proença CEB; Departamento de Botânica, Universidade de Brasília, Brasília, 70910-900, DF, Brazil., Reginato M; Departamento de Botânica, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, 90650-001, RS, Brazil., Rosa PO; Jardim Botânico de Brasília, Diretoria de Vegetação e Flora, Área Especial SMDB Estação Ecológica Jardim Botânico de Brasília, Brasília, 71.680-001, DF, Brazil., Santos MF; Centro de Ciências Naturais e Humanas, Universidade Federal do ABC, Alameda da Universidade s/n, Anchieta, São Bernardo do Campo, 09606-045, SP, Brazil., Stadnik A; Instituto Interamericano de Cooperação para a Agricultura - IICA - SHIS QI 5, Chácara 16, Lago Sul, Brasília, 71600-530, DF, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Botânica, Universidade Estadual de Feira de Santana, Departamento de Ciências Biológicas, Av. Transnordestina s/n, Feira de Santana, 44036-900, BA, Brazil., Tuler AC; Centro de Estudos da Biodiversidade, Universidade Federal de Roraima, Campus Paricarana, Av. Cap. Ene Garcez, 2413, Boa Vista, 69304-000, RR, Brazil., Valdemarin KS; Departamento de Ciências Biológicas, Escola Superior de Agricultura 'Luiz de Queiroz', Universidade de São Paulo, Piracicaba, 13418-260, SP, Brazil., Vasconcelos T; Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Michigan, Ann Arbor, 48109, MI, USA.
Jazyk: angličtina
Zdroj: American journal of botany [Am J Bot] 2024 May; Vol. 111 (5), pp. e16330. Date of Electronic Publication: 2024 May 10.
DOI: 10.1002/ajb2.16330
Abstrakt: Premise: Increasingly complete phylogenies underpin studies in systematics, ecology, and evolution. Myrteae (Myrtaceae), with ~2700 species, is a key component of the exceptionally diverse Neotropical flora, but given its complicated taxonomy, automated assembling of molecular supermatrices from public databases often lead to unreliable topologies due to poor species identification.
Methods: Here, we build a taxonomically verified molecular supermatrix of Neotropical Myrteae by assembling 3909 published and 1004 unpublished sequences from two nuclear and seven plastid molecular markers. We infer a time-calibrated phylogenetic tree that covers 712 species of Myrteae (~28% of the total diversity in the clade) and evaluate geographic and taxonomic gaps in sampling.
Results: The tree inferred from the fully concatenated matrix mostly reflects the topology of the plastid data set and there is a moderate to strong incongruence between trees inferred from nuclear and plastid partitions. Large, species-rich genera are still the poorest sampled within the group. Eastern South America is the best-represented area in proportion to its species diversity, while Western Amazon, Mesoamerica, and the Caribbean are the least represented.
Conclusions: We provide a time-calibrated tree that can be more reliably used to address finer-scale eco-evolutionary questions that involve this group in the Neotropics. Gaps to be filled by future studies include improving representation of taxa and areas that remain poorly sampled, investigating causes of conflict between nuclear and plastid partitions, and the role of hybridization and incomplete lineage sorting in relationships that are poorly supported.
(© 2024 The Authors. American Journal of Botany published by Wiley Periodicals LLC on behalf of Botanical Society of America.)
Databáze: MEDLINE
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