Validation of qPCR reference genes in the endangered annual killifish Austrolebias charrua considering different tissues, gender and environmental conditions.

Autor: Pagano AD; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil., Blödorn EB; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil., Domingues WB; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil., de Souza LP; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil., da Silveira TLR; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil., Kütter MT; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Brasil., Gonçalves NM; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil., Volcan MV; Instituto Pró-Pampa (IPPampa), Laboratório de Ictiologia, Pelotas, Brasil., Costa PG; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Brasil., Bianchini A; Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Brasil., Remião MH; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil., Campos VF; Laboratório de Genômica Estrutural, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Centro de Desenvolvimento Tecnológico, Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, Brasil. campos.vinicius@ufpel.edu.br.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Ecotoxicology (London, England) [Ecotoxicology] 2024 Aug; Vol. 33 (6), pp. 1-12. Date of Electronic Publication: 2024 Apr 11.
DOI: 10.1007/s10646-024-02752-0
Abstrakt: The annual killifish Austrolebias charrua is an endangered species, endemic to the southern region of South America, which inhabits temporary ponds that emerges in the rainy season. The main anthropogenic threat driving the extinction of A. charrua stems from extensive agriculture, primarily due to the widrespread use of glyphosate-based herbicides near their habitats. Annual killifishes have been used as models for ecotoxicological studies but, up to now, there are no studies about reference genes in any Austrolebias species. This represents an obstacle to the use of qPCR-based technologies, the standard method for gene expression quantification. The present study aimed to select and validate potential reference genes for qPCR normalization in the annual killifish Austrolebias charrua considering different tissues, gender and environmental conditions. The candidate reference genes 18 s, actb, gapdh, ef1a, shox, eif3g, and the control gene atp1a1 were evaluated in male and female individuals in three different tissues (brain, liver, and gills) under two experimental conditions (control and acute exposition to Roundup Transorb ® ). The collected tissues were submitted to RNA extraction, followed by cDNA synthesis, cloning, sequencing, and qPCR. Overall, 18 s was the most stable reference gene, and 18 s and ef1a were the most stable combination. Otherwise, considering all variables, gapdh and shox were the least stable candidate genes. Foremost, suitable reference genes were validated in A. charrua, facilitating accurate mRNA quantification in this species, which might be useful for developing molecular tools of ecotoxicological assessment based on gene expression analysis for environmental monitoring of annual killifish.
(© 2024. The Author(s), under exclusive licence to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature.)
Databáze: MEDLINE
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