Mitochondrion genomes of seven species of the endangered genus Sporophila (Passeriformes: Thraupidae).

Autor: Melo-Ximenes AA; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio), Goiânia, GO, Brazil.; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Goiânia, GO, Brazil., Corvalán LCJ; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio), Goiânia, GO, Brazil.; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Goiânia, GO, Brazil.; Universidade Estadual de Goiás, Instituto Acadêmico de Ciências da Saúde e Biológicas (IACSB), Laboratório de Bioinformática e Biodiversidade (LBB), Campus Oeste, Unidade Universitária de Iporá, Iporá, GO, Brazil., Carvalho LR; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio), Goiânia, GO, Brazil.; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Goiânia, GO, Brazil.; Universidade Estadual de Goiás, Instituto Acadêmico de Ciências da Saúde e Biológicas (IACSB), Laboratório de Bioinformática e Biodiversidade (LBB), Campus Oeste, Unidade Universitária de Iporá, Iporá, GO, Brazil., Mangini TA; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio), Goiânia, GO, Brazil., Sobreiro MB; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio), Goiânia, GO, Brazil., Vieira LD; Instituto Tecnológico Vale Desenvolvimento Sustentável, Belém, PA, Brazil., Dias RO; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio), Goiânia, GO, Brazil.; Universidade Estadual de Goiás, Instituto Acadêmico de Ciências da Saúde e Biológicas (IACSB), Laboratório de Bioinformática e Biodiversidade (LBB), Campus Oeste, Unidade Universitária de Iporá, Iporá, GO, Brazil., Silva Neto CME; Universidade Estadual de Goiás, Instituto Acadêmico de Ciências da Saúde e Biológicas (IACSB), Laboratório de Bioinformática e Biodiversidade (LBB), Campus Oeste, Unidade Universitária de Iporá, Iporá, GO, Brazil.; Instituto Federal de Goiás, Goiás, GO, Brazil., Telles MPC; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio), Goiânia, GO, Brazil.; Pontifícia Universidade Católica de Goiás, Escola de Ciências Médicas e da Vida, Goiânia, GO, Brazil., Nunes R; Universidade Federal de Goiás, Instituto de Ciências Biológicas (ICB), Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio), Goiânia, GO, Brazil.; Universidade Estadual de Goiás, Instituto Acadêmico de Ciências da Saúde e Biológicas (IACSB), Laboratório de Bioinformática e Biodiversidade (LBB), Campus Oeste, Unidade Universitária de Iporá, Iporá, GO, Brazil.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Genetics and molecular biology [Genet Mol Biol] 2024 Apr 05; Vol. 47 (1), pp. e20230172. Date of Electronic Publication: 2024 Apr 05 (Print Publication: 2024).
DOI: 10.1590/1678-4685-GMB-2023-0172
Abstrakt: We announce the mitochondrial genomes of seven species of the genus Sporophila (S. bouvreuil, S. iberaensis, S. melanogaster, S. minuta, S. nigrorufa, S. pileata, and S. ruficollis) which were validated by comparative genomic and phylogenetic analysis with related species. The mitochondrial genomes of seven passerines of the genus Sporophila were assembled (three complete and four nearly complete genomes) and were validated by reconstructing phylogenetic relations within Thraupidae. The complete mitogenomes ranged from 16,781 bp in S. ruficollis to 16,791 bp in S. minuta. We identified a conserved genome composition within all mitogenomes with 13 protein-coding genes, 22 tRNAs and two rRNAs. We observed a bias in the nucleotide composition and six mutational hotspots in Sporophila mitogenomes. Our mitogenome-based phylogenetic tree has S. minuta, S. maximiliani and S. nigricollis as sister species of the remaining species in the genus. We present new mitogenome sequences for seven Sporophila species, providing new genomic resources that may be useful for research on the evolution, comparative genetics, and conservation of this threatened group.
Databáze: MEDLINE