Microevolution, reinfection and highly complex genomic diversity in patients with sequential isolates of Mycobacterium abscessus.

Autor: Buenestado-Serrano S; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón (IiSGM), C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Escuela de Doctorado, Universidad de Alcalá, Plaza de San Diego, s/n, 28801, Alcalá de Henares, Madrid, Spain., Martínez-Lirola M; Unidad de Gestión de Laboratorio, Hospital Universitario Torrecárdenas, Almería, Spain., Herranz-Martín M; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón (IiSGM), C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain., Esteban J; Servicio de Microbiología, Instituto de Investigación Sanitaria Fundación Jiménez Díaz-UAM, Hospital Universitario La Fundación Jiménez Díaz, Av. de los Reyes Católicos, 28040, Madrid, Spain.; Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER) de Enfermedades Infecciosas - CIBERINFEC, Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain., Broncano-Lavado A; Servicio de Microbiología, Instituto de Investigación Sanitaria Fundación Jiménez Díaz-UAM, Hospital Universitario La Fundación Jiménez Díaz, Av. de los Reyes Católicos, 28040, Madrid, Spain., Molero-Salinas A; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón (IiSGM), C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain., Sanz-Pérez A; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón (IiSGM), C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain., Blázquez J; Department of Microbial Biotechnology, National Center for Biotechnology, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), C/ Darwin, 3, Campus de la Universidad Autónoma-Cantoblanco, 28049, Madrid, Spain., Ruedas-López A; Microbiología y Enfermedades Infecciosas, Hospital Universitario 12 de Octubre, Av. de Córdoba, s/n, 28041, Madrid, Spain., Toro C; Servicio de Microbiología y Parasitología, Hospital Universitario La Paz - IdiPAZ, Madrid, Spain., López-Roa P; Microbiología y Enfermedades Infecciosas, Hospital Universitario 12 de Octubre, Av. de Córdoba, s/n, 28041, Madrid, Spain., Domingo D; Servicio de Microbiología, Instituto de Investigación Sanitaria, Hospital Universitario La Princesa, Calle de Diego de León, 62, 28006, Madrid, Spain., Zamarrón E; Servicio de Neumología, Hospital Universitario La Paz -IdiPAZ, Madrid, Spain., Ruiz Serrano MJ; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón (IiSGM), C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER) de Enfermedades Respiratorias - CIBERES, Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain., Muñoz P; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón (IiSGM), C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain.; Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER) de Enfermedades Respiratorias - CIBERES, Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain.; Departamento de Medicina, Universidad Complutense, Av. Séneca, 2, 28040, Madrid, Spain., Pérez-Lago L; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain. lperezg00@gmail.com.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón (IiSGM), C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain. lperezg00@gmail.com., García de Viedma D; Servicio de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas, Hospital General Universitario Gregorio Marañón, C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain. dgviedma2@gmail.com.; Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón (IiSGM), C/Doctor Esquerdo, 46, 28007, Madrid, Spain. dgviedma2@gmail.com.; Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER) de Enfermedades Respiratorias - CIBERES, Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain. dgviedma2@gmail.com.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Nature communications [Nat Commun] 2024 Mar 28; Vol. 15 (1), pp. 2717. Date of Electronic Publication: 2024 Mar 28.
DOI: 10.1038/s41467-024-46552-w
Abstrakt: Mycobacterium abscessus is an opportunistic, extensively drug-resistant non-tuberculous mycobacterium. Few genomic studies consider its diversity in persistent infections. Our aim was to characterize microevolution/reinfection events in persistent infections. Fifty-three sequential isolates from 14 patients were sequenced to determine SNV-based distances, assign resistance mutations and characterize plasmids. Genomic analysis revealed 12 persistent cases (0-13 differential SNVs), one reinfection (15,956 SNVs) and one very complex case (23 sequential isolates over 192 months), in which a first period of persistence (58 months) involving the same genotype 1 was followed by identification of a genotype 2 (76 SNVs) in 6 additional alternating isolates; additionally, ten transient genotypes (88-243 SNVs) were found. A macrolide resistance mutation was identified from the second isolate. Despite high diversity, the genotypes shared a common phylogenetic ancestor and some coexisted in the same specimens. Genomic analysis is required to access the true intra-patient complexity behind persistent infections involving M. abscessus.
(© 2024. The Author(s).)
Databáze: MEDLINE
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