GPER binding site detection and description: A flavonoid-based docking and molecular dynamics simulations study.

Autor: Méndez-Luna D; Laboratorio de Diseño y Desarrollo de Nuevos Fármacos e Innovación Biotecnológica, Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico Nacional, Plan de San Luis y Díaz Mirón s/n, Col. Casco de Santo Tomas, Alcaldía Miguel Hidalgo, C.P. 11340 Ciudad de México, Mexico; Departamento de Fisiología, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional, Zacatenco, Av. Wilfrido Massieu 399, Col. Nueva Industrial Vallejo, Alcaldía Gustavo A. Madero, C.P. 07738 Ciudad de México, Mexico. Electronic address: meld8909@gmail.com., Guzmán-Velázquez S; Departamento de Fisiología, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional, Zacatenco, Av. Wilfrido Massieu 399, Col. Nueva Industrial Vallejo, Alcaldía Gustavo A. Madero, C.P. 07738 Ciudad de México, Mexico. Electronic address: sguzmanv82@gmail.com., Padilla-Martínez II; Laboratorio de Química Supramolecular y Nanociencias, Unidad Profesional Interdisciplinaria de Biotecnología, Instituto Politécnico Nacional, Av. Acueducto s/n, Barrio la Laguna Ticomán, Alcaldía Gustavo A. Madero, C.P. 07340 Ciudad de México, Mexico. Electronic address: ipadillamar@ipn.mx., García-Sánchez JR; Laboratorio de Oncología Molecular y Estrés Oxidativo, Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico Nacional, Plan de San Luis y Díaz Mirón, s/n, Col. Casco de Santo Tomas, Alcaldía Miguel Hidalgo, C.P. 11340 Ciudad de México, Mexico. Electronic address: jrgarcias@ipn.mx., Bello M; Laboratorio de Diseño y Desarrollo de Nuevos Fármacos e Innovación Biotecnológica, Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico Nacional, Plan de San Luis y Díaz Mirón s/n, Col. Casco de Santo Tomas, Alcaldía Miguel Hidalgo, C.P. 11340 Ciudad de México, Mexico. Electronic address: bellomartini@gmail.com., García-Vázquez JB; Laboratorio de Diseño y Desarrollo de Nuevos Fármacos e Innovación Biotecnológica, Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico Nacional, Plan de San Luis y Díaz Mirón s/n, Col. Casco de Santo Tomas, Alcaldía Miguel Hidalgo, C.P. 11340 Ciudad de México, Mexico. Electronic address: benjagv_5202@hotmai.com., Mendoza-Figueroa HL; Laboratorio de Diseño y Desarrollo de Nuevos Fármacos e Innovación Biotecnológica, Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico Nacional, Plan de San Luis y Díaz Mirón s/n, Col. Casco de Santo Tomas, Alcaldía Miguel Hidalgo, C.P. 11340 Ciudad de México, Mexico. Electronic address: hmendofi@gmail.com., Correa-Basurto J; Laboratorio de Diseño y Desarrollo de Nuevos Fármacos e Innovación Biotecnológica, Escuela Superior de Medicina, Instituto Politécnico Nacional, Plan de San Luis y Díaz Mirón s/n, Col. Casco de Santo Tomas, Alcaldía Miguel Hidalgo, C.P. 11340 Ciudad de México, Mexico. Electronic address: corrjose@gmail.com.
Jazyk: angličtina
Zdroj: The Journal of steroid biochemistry and molecular biology [J Steroid Biochem Mol Biol] 2024 May; Vol. 239, pp. 106474. Date of Electronic Publication: 2024 Feb 01.
DOI: 10.1016/j.jsbmb.2024.106474
Abstrakt: Flavonoids, a phenolic compounds class widely distributed in the plant kingdom, have attracted much interest for their implications on several health and disease processes. Usually, the consumption of this type of compounds is approximately 1 g/d, primarily obtained from cereals, chocolate, and dry legumes ensuring its beneficial role in maintaining the homeostasis of the human body. In this context, in cancer disease prominent data points to the role of flavonoids as adjuvant treatment aimed at the regression of the disease. GPER, an estrogen receptor on the cell surface, has been postulated as a probable orchestrator of the beneficial effects of several flavonoids through modulation/inhibition of various mechanisms that lead to cancer progression. Therefore, applying pocket and cavity protein detection and docking and molecular dynamics simulations (MD), we generate, from a cluster composed of 39 flavonoids, crucial insights into the potential role as GPER ligands, of Puerarin, Isoquercetin, Kaempferol 3-O-glucoside and Petunidin 3-O-glucoside, aglycones whose sugar moiety delimits a new described sugar-acceptor sub-cavity into the cavity binding site on the receptor, as well as of the probable activation mechanism of the receptor and the pivotal residues involved in it. Altogether, our results shed light on the potential use of the aforementioned flavonoids as GPER ligands and for further evaluations in in vitro and in vivo assays to elucidate their probable anti-cancer activity.
Competing Interests: Declaration of Competing Interest The authors declare no conflict of interest.
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Databáze: MEDLINE
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