Omicron induced distinct immune respiratory transcriptomics signatures compared to pre-existing variants in critically ill COVID-19 patients.

Autor:	Bay P; Service de Médecine Intensive Réanimation, DMU Médecine, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France.; GRC CARMAS, Faculté de Santé de Créteil, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; Équipe Virus, Hépatologie, Cancer, INSERM U955, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France., Rodriguez C; Équipe Virus, Hépatologie, Cancer, INSERM U955, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; Département de Microbiologie, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France.; Plateforme de Génomique, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Créteil, France., Caruso S; Équipe Virus, Hépatologie, Cancer, INSERM U955, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; Département de Pathologie, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France., Demontant V; Plateforme de Génomique, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Créteil, France., Boizeau L; Plateforme de Génomique, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Créteil, France., Soulier A; Équipe Virus, Hépatologie, Cancer, INSERM U955, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; Département de Microbiologie, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France., Woerther PL; Département de Microbiologie, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France.; EA 7380 Dynamic, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), École Nationale Vétérinaire d'Alfort, USC Anses, Créteil, France., Mekontso-Dessap A; Service de Médecine Intensive Réanimation, DMU Médecine, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France.; GRC CARMAS, Faculté de Santé de Créteil, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France., Pawlotsky JM; Équipe Virus, Hépatologie, Cancer, INSERM U955, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; Département de Microbiologie, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France.; Plateforme de Génomique, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Créteil, France., de Prost N; Service de Médecine Intensive Réanimation, DMU Médecine, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France.; GRC CARMAS, Faculté de Santé de Créteil, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France., Fourati S; Équipe Virus, Hépatologie, Cancer, INSERM U955, Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France.; Département de Microbiologie, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Créteil, France.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Journal of medical virology [J Med Virol] 2023 Dec; Vol. 95 (12), pp. e29268.
DOI:	10.1002/jmv.29268
Abstrakt:	Severe coronavirus disease 2019 (COVID-19) is related to dysregulated immune responses. We aimed to explore the effect of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on the immune response by nasopharyngeal transcriptomic in critically-ill patients. This prospective monocentric study included COVID-19 patients requiring intensive care unit (ICU) admission between March 2020 and 2022. Patients were classified according to VOC (ancestral, Alpha, Delta, and Omicron). Eighty-eight patients with severe COVID-19 were included after matching (on prespecified clinical criteria). Profiling of gene expression markers of innate and adaptive immune responses were investigated by respiratory transcriptomics at ICU admission. Eighty-eight patients were included in the study after matching (ancestral [n = 24], Alpha [n = 24], Delta [n = 22], and Omicron [n = 18] variants). Respiratory transcriptomic analysis revealed distinct innate and adaptive immune profiling between variants. In comparison with the ancestral variant, there was a reduced expression of neutrophil degranulation, T cell activation, cytokines signalling pathways in patients infected with Alpha and Delta variants. In contrast, there was a higher expression of neutrophil degranulation, T and B cells activation, and inflammatory interleukins pathways in patients infected with Omicron. To conclude, Omicron induced distinct immune respiratory transcriptomics signatures compared to pre-existing variants in patients with severe COVID-19, pointing to an evolving pathophysiology of severe COVID-19 in the Omicron era. (© 2023 Wiley Periodicals LLC.)
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